记录安装 Singularity +HALFpipe

文章目录

- 〇、预备工作
- - 1、删除 GO
- 一、下载HALFpipe[源码](https://github.com/HALFpipe/HALFpipe#container-platform)
- 二、安装一个容器平台
- - 1、首先安装必要的依赖
  - 2、安装GO
  - 3、下载 SingularityCE
  - 4、编译 SingularityCE 源码
- 三、下载 `HALFpipe`
- 四、运行容器
- 五、总结

〇、预备工作 1、删除 GO

1、直接用go命令判断当前是否安装了go

$ go

2、如果没有安装 go 可直接下一步
3、如果安装了go，可以考虑删除。
1、使用 go env 命令，找到 GOROOT、 GOPATH环境变量

2、然后删除两个变量后面的目录。便捷命令：

go=`go env GOROOT` && 
rm -rf $go

一、下载HALFpipe源码

后面好像没用到

二、安装一个容器平台

根据HALFpipe官方文档，可以安装 Singularity 或Docker都可以，这里以安装 Singularity3.x为例。上面链接直达官方安装文档。

1、首先安装必要的依赖

对了，我所使用的操作系统是Ubuntu，也是官方教程中使用的操作系统

$ sudo apt-get update && sudo apt-get install -y 
    build-essential 
    libssl-dev 
    uuid-dev 
    libgpgme11-dev 
    squashfs-tools 
    libseccomp-dev 
    wget 
    pkg-config 
    git 
    cryptsetup

2、安装GO

根据官方文档说法， SingularityCE v3 及更高版本是用Go语言编写。后面的编译源码肯定是要用到GO的。

1、方法一：通过访问官网去下载，然后解压到 /usr/local/go/
https://go.dev/dl/go1.17.5.linux-amd64.tar.gz
2、方法二：去官网查找自己想要的版本，然后替换下面的 VERSION 变量的值，并执行下面命令。

# Replace the values as needed
  export VERSION=1.17.5 OS=linux ARCH=amd64  
# Downloads the required Go package
  wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
# Extracts the archive
  sudo tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
# Deletes the ``tar`` file
  rm go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz

3、安装完成后，需要将GO的路径添加到环境变量

# Set the Environment variable PATH to point to Go
  echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc && 
  source ~/.bashrc

3、下载 SingularityCE

1、这里同样需要访问 GitHub发布页面确定要安装的版本，可以通过下面的命令进行安装。

# adjust this as necessary 
    export VERSION=3.9.2
# download and install
    wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && 
    tar -xzf singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && 
    cd singularity-ce-${VERSION}

4、编译 SingularityCE 源码

   ./mconfig && 
    make -C builddir && 
    sudo make -C builddir install

1、执行 ./mconfig 的结果图
2、执行 make -C build 的结果图。这个命令执行时间比较长，我等了好长一会才执行完。
3、执行安装命令结果图注意使用root身份执行
4、安装成功验证

$ singularity help

三、下载 HALFpipe

1、根据官方文档和所安装的容器版本，下载对应的HALFpipe

容器平台	版本	下载地址/方式
Singularity	3.x	https://download.fmri.science/singularity/halfpipe-halfpipe-latest.sif
Singularity	2.x	https://download.fmri.science/singularity/halfpipe-halfpipe-latest.simg
Docker		docker pull halfpipe/halfpipe:latest

四、运行容器

1、首先确定上一步下载的文件的位置，然后执行下面的命令。需要替换halfpipe-halfpipe-latest.simg为Singularity下载容器的实际路径和文件名

容器平台	命令
Singularity	singularity run --containall --bind /:/ext halfpipe-halfpipe-latest.sif
Docker	docker run --interactive --tty --volume /:/ext halfpipe/halfpipe

2、运行成功界面，详细操作请参考官方文档。

五、总结

1、总体来说，安装过程中没有出现什么大问题，因为是在虚拟机上安装的，最后下载 HALFpipe 后虚拟机内存不够了，也没有下载数据进行分析。
2、之前安装在编译 Singularity 时出现了Go 版本过低的问题，这次安装都是安装的最新版本，并没有出现这个问题，现在回想，可能是系统原本有 Go。所以在安装 GO 之前一定要将原来的 GO 卸载干净。

记录安装 Singularity +HALFpipe

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