apply将功能应用于每个组(您的
Species)。您的函数返回1,因此对于3个组,您最终都将获得1值。
agg汇总 每个 组的 每个列(功能) ,因此最终每个组的每个列都有一个值。
请务必阅读
groupby文档,它们对您很有帮助。网络上也有很多教程。

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