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使用生成器(python)解析fasta文件

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使用生成器(python)解析fasta文件

您是否考虑过使用BioPython。他们有一个序列读取器,可以读取fasta文件。并且,如果您有兴趣自己编写代码,可以看看BioPython的代码。

编辑 :添加代码

def read_fasta(fp):    name, seq = None, []    for line in fp:        line = line.rstrip()        if line.startswith(">"): if name: yield (name, ''.join(seq)) name, seq = line, []        else: seq.append(line)    if name: yield (name, ''.join(seq))with open('f.fasta') as fp:    for name, seq in read_fasta(fp):        print(name, seq)


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