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用C语言从RNAseq基因表达矩阵中找出目标gene list的表达量并输出到新文件

C/C++/C# 更新时间: 发布时间: IT归档 最新发布 模块sitemap 名妆网 法律咨询 聚返吧 英语巴士网 伯小乐 网商动力

用C语言从RNAseq基因表达矩阵中找出目标gene list的表达量并输出到新文件

#include
#include
#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 1
int main()
{
    FILE* fp1;
    FILE* fp2;
    FILE* fp3;
    char* p2 = NULL;
    char Namebuf[31];
    char Temp[31];
    char buff[1001];
    int i = 0;
    int j = 0;

    fp1=fopen("D:\C\找特定基因表达量\genelist.txt","r+");
    if(!fp1)
    {
        printf("errror!n");
    }
    fp2=fopen("D:\C\找特定基因表达量\ROB TPM.txt","r+");
    if(!fp2)
    {
        printf("errror!n");
    }
    fp3=fopen("D:\C\找特定基因表达量\output.txt","w+");
    if(!fp3)
    {
        printf("errror!n");
    }
fgets(buff,1000,fp2);//给输出文件添加表头
fprintf(fp3,"%s",buff);//给输出文件添加表头
rewind(fp2);//给输出文件添加表头
while(fgets(Namebuf,30,fp1)!=NULL)//逐行读取文件
{
        while(fgets(buff,1000,fp2)!=NULL)//逐行读取文件
        {
            //printf("%s",buff);
            sscanf(buff,"%*[^t]t%s",Temp);
            //printf("%sn",Temp);
            i = strlen(Namebuf);
            //printf("%dn",i);
            j = strlen(Temp);
            if (i==j)//先比较字符串长度
            {
                if (strnicmp(Temp, Namebuf,i-1) == 0)//再比较字符串内容
                {
                    fprintf(fp3,"%s",buff);
                    printf("%s",buff);
                }
            }
            
        }
            rewind(fp2);//将表达矩阵文件内部位置指针重新定位到文件开头,准备下一个基因的寻找
}

    fclose (fp1);
    fclose (fp2);
    fclose (fp3);


    return 0;
}

//用R的话只需用到match函数就可以实现。。

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