2021-11-13

开题准备

• • 数据集
  • 病理图像
  • 病理图像超分辨率近年论文合集
  • 如何改变文本的样式
  • 插入链接与图片
  • 如何插入一段漂亮的代码片
  • 生成一个适合你的列表
  • 创建一个表格
  • • 设定内容居中、居左、居右
    • SmartyPants
  • 创建一个自定义列表
  • 如何创建一个注脚
  • 注释也是必不可少的
  • KaTeX数学公式
  • 新的甘特图功能，丰富你的文章
  • UML 图表
  • FLowchart流程图
  • 导出与导入
  • • 导出
    • 导入

数据集

Camelyon 16是一个H&E染色全切片的肿瘤诊断定位的挑战赛已于 2016 年 11 月结束，后续有Camelyon 17 。
Camelyon 16提供了乳腺癌患者的乳腺癌患者前哨淋巴结切片（内梅亨大学医学中心(奈梅亨,荷兰),以及乌特勒支大学医学中心(荷兰乌得勒支)提供）
这个比赛是ISBI(International Symposium on Biomedical Imaging)举办的,ISBI算是医学图像分析领域的顶级学术会议之一（MICCAI, IPMI，ISBI及一些CV领域顶会CVPR,ICCV的一些医学图像topic）。
整个比赛的意义就是推进自动检测H&E染色的淋巴结切片中乳腺癌转移程度的算法，需要注意的是，这是医学图像分析中第一次将分析上升到全切片级别的（WSI，whole-slide images）。这一任务有极高的临床意义，极大减轻病理专家的看切片时间，而且可以降低诊断的主观性。整个比赛持续两年，也就是Camelyon16,17（17后续再说）。
训练集：
第一阶段有170张淋巴结的全切片（100正常和70是有转移的，即有瘤），
第二阶段有100张（60正常和40有瘤）。
数据标注，即Ground Truth数据是由.xml文件保留，保留了标注病变区域的轮廓。
测试集
数据的形式是金字塔数据形式，最大分辨率40X的图像矩阵大小大概是300000×150000，一个样本的所占硬盘空间大小大概是5~6G。这也就意味着我们不太可能将图片全部加载到内存中，即使有足够的内存，也不可能把它加载到显卡内存中进行深度学习运算（可以想象一下如果这么大的矩阵采用3×3的卷积核进行运算的场景），所以对图片进行预处理非常有必要。

参考知乎上的讲解，原文链接
医学图像公开数据集
Camelyon 16 百度云盘链接
Camelyon 17 百度云盘链接

病理图像

切片数字化后，会是一张巨大的图像（Gigapixel Pathology Images）,大概 [公式] 的数量级，而且切片成像是仿人类用显微镜看片的，所以仍然保留1x,5x,10x,…,40x的数据。总体而言就是数据量大，一张切片2.5G左右！每个像素是160纳米（10^-9m）。
病理切片制片用的蜡，也就是我们在病理切片上看到的很多很多白色的背景。
癌细胞和正常细胞在颜色、纹理、大小和组织形式上都会有很多的不同，一般来说就是“核大深染”的突出特征。
病理图像处理流程：先去掉背景区域（白色部分），分割出有效区域，调色 ，不同分辨率之间配准
参考文献
病理图像数据集处理方法：利用openslide来处理
参考博文
不同扫描仪扫描出的病理图像有所不同，需要配准：参考链接

病理图像超分辨率近年论文合集

直接输入1次#，并按下space后，将生成1级标题。
输入2次#，并按下space后，将生成2级标题。
以此类推，我们支持6级标题。有助于使用TOC语法后生成一个完美的目录。

如何改变文本的样式

强调文本 强调文本

加粗文本 加粗文本

标记文本

删除文本

引用文本

H₂O is是液体。

2¹⁰ 运算结果是 1024.

插入链接与图片

链接: link.

图片:

带尺寸的图片:

居中的图片:

居中并且带尺寸的图片:

当然，我们为了让用户更加便捷，我们增加了图片拖拽功能。

如何插入一段漂亮的代码片

去博客设置页面，选择一款你喜欢的代码片高亮样式，下面展示同样高亮的 代码片.

// An highlighted block
var foo = 'bar';

生成一个适合你的列表

• 项目
  • 项目
    • 项目

1. 项目1
2. 项目2
3. 项目3

• 计划任务
• 完成任务

创建一个表格

一个简单的表格是这么创建的：

项目	Value
电脑	$1600
手机	$12
导管	$1

设定内容居中、居左、居右

使用:---------:居中
使用:----------居左
使用----------:居右

第一列	第二列	第三列
第一列文本居中	第二列文本居右	第三列文本居左

SmartyPants

SmartyPants将ASCII标点字符转换为“智能”印刷标点HTML实体。例如：

TYPE	ASCII	HTML
Single backticks	'Isn't this fun?'	‘Isn’t this fun?’
Quotes	"Isn't this fun?"	“Isn’t this fun?”
Dashes	-- is en-dash, --- is em-dash	– is en-dash, — is em-dash

创建一个自定义列表

Markdown

Text-to- HTML conversion tool

Authors

John

Luke

如何创建一个注脚

一个具有注脚的文本。¹

注释也是必不可少的

Markdown将文本转换为 HTML。

KaTeX数学公式

您可以使用渲染LaTeX数学表达式 KaTeX:

Gamma公式展示 Γ ( n ) = ( n − 1 ) ! ∀ n ∈ N Gamma(n) = (n-1)!quadforall ninmathbb N Γ(n)=(n−1)!∀n∈N 是通过欧拉积分

Γ ( z ) = ∫ 0 ∞ t z − 1 e − t d t   . Gamma(z) = int_0^infty t^{z-1}e^{-t}dt,. Γ(z)=∫0∞​tz−1e−tdt.

你可以找到更多关于的信息 LaTeX 数学表达式here.

新的甘特图功能，丰富你的文章

• 关于 甘特图 语法，参考 这儿,

UML 图表

可以使用UML图表进行渲染。 Mermaid. 例如下面产生的一个序列图：

这将产生一个流程图。:

• 关于 Mermaid 语法，参考 这儿,

FLowchart流程图

我们依旧会支持flowchart的流程图：

• 关于 Flowchart流程图 语法，参考 这儿.

导出与导入 导出

如果你想尝试使用此编辑器, 你可以在此篇文章任意编辑。当你完成了一篇文章的写作, 在上方工具栏找到 文章导出 ，生成一个.md文件或者.html文件进行本地保存。

导入

如果你想加载一篇你写过的.md文件，在上方工具栏可以选择导入功能进行对应扩展名的文件导入，
继续你的创作。

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1. 注脚的解释 ↩︎