软件包只是文件系统上的目录。所以您的包：
com.mycompany.util对应于一个目录
com/mycompany/util。
在运行和编译等时，当前的工作目录应位于该顶级目录所在的位置。
要包含库，请在编译和运行时将它们包含在类路径中。例如，创建一个Project目录
myproject，在该目录下具有Java文件和程序包，在
myproject/src/其中使用库，
myproject/libs/
然后在当前工作目录
myproject执行时
java -cp .:libs/*.jar与相同
javac。
但我建议您考虑使用ant或maven。
