JIndent（商业）可以满足您的需求：
http://www.jindent.com/
我过去也曾使用Jalopy来做到这一点，它是开源的：
http://jalopy.sourceforge.net/
编辑：我会注意到Jalopy相当老，并且似乎没有对其进行任何更新。我不太确定它是否可以在Java 5/6中使用。您可能想看一下Jacobe：
http://www.tiobe.com/index.php/content/products/jacobe/Jacobe.html
Roedy Green的网站上还有更完整的格式化程序列表：
http://mindprod.com/jgloss/beautifier.html
