原因是jfxrt.lib也有一个名为JSObject的类。这个JSObject没有定义plugin.jar的getWindow函数。如果更改JAR的依赖关系顺序并使Java将JSObject解析为plugin.jar，则Java可以调用getWindow函数。
以下是这两个类的javadocs的链接。请注意，jfxrt一个没有定义getWindow。
http://docs.oracle.com/javafx/2/api/netscape/javascript/JSObject.html
http://www.oracle.com/webfolder/technetwork/java/plugin2/liveconnect/jsobject-
javadoc/netscape/javascript/JSObject.html
