在Java中将x509证书写入PEM格式的字符串？

这还不错。Java没有提供任何写入PEM文件的功能。您在做什么是正确的方法。即使是KeyTool也会做同样的事情，

base64Enprer enprer = new base64Enprer();out.println(X509Factory.BEGIN_CERT);enprer.enpreBuffer(cert.getEnpred(), out);out.println(X509Factory.END_CERT);

如果使用BouncyCastle，则可以使用PEMWriter类在PEM中写出X509证书。