Doxygen具有JavaDoc不提供的许多功能，例如，层次结构和合作上下文的类图，更多摘要页面，可选的源代码浏览（与文档交叉链接），附加的标签支持，例如@todo
on一个单独的页面，它可以生成TeX和PDF格式的输出，还可以进行很多视觉定制。
由于Doxygen支持标准JavaDoc标记，因此您可以在带有JavaDoc注释的任何源代码上运行Doxygen。在没有JavaDoc的情况下，甚至可以在源代码上运行，因为即使没有文档，图表和源代码浏览也可以帮助理解代码。而且由于JavaDoc工具会忽略未知标签，因此您甚至可以使用其他Doxygen标签，而不会中断JavaDoc的生成。
说了这么多，我必须承认我已经很长时间没有使用Doxygen了。如今，我倾向于严重依赖我的IDE来提供相同的可视化效果，并且我通常不将JavaDoc读取为HTML页面，而是将源文件导入到我的IDE中，以便它可以生成JavaDoc弹出窗口，并且可以跳转到定义。这比Doxygen所提供的功能还要强大。如果您想在IDE之外拥有文档并乐于运行非Java工具，那么Doxygen值得一试，因为它不需要对Java代码进行任何更改。
