如何将JQuery导入Typescript文件？

不需要导入。而是在文件顶部添加对Typescript定义文件的引用。因此，第一行

WebAPI.js

/// <reference path ="../typings/jquery/jquery.d.ts"/>

代替

import { $ } from '../jquery-3.1.1';

根据DefinitelyTyped
Wiki：

Typescript声明文件是在外部第三方Javascript库中定义类型，函数和参数的方式。通过在Typescript代码中使用声明文件，将启用Intellisense并针对正在使用的外部库进行类型检查。

jquery.d.ts