远程连接服务器 搭建深度学习环境 新容器从零开始安装anaconda、Jupyter

远端连接服务器

使用内网映射出来实验室的电脑，使用Xshell连接服务器。使用docker生成一个Linux镜像用来操作。这样可以放心操作，不用担心实验室的小伙伴把环境搞崩，或者是自己把别人的环境搞崩。

docker 容器的分配：

主要，不要选择runtime类型：

使用Xshell 连接，下载Anaconda

Anaconda简介
Anaconda 是一个用于科学计算的 Python 发行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。

Anaconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载。

在官网上找到相应的Linux中的anaconda包下载，笔者这里使用的是https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.s

安装Anaconda

1. 下载 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.s 的Anaconda包：

   wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate
   

2. 下载完成之后，进行安装：

   bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
   

3. 安装之后就是配置的过程，可以无脑yes，我选择默认的位置/root/anaconda3(这个大家不要选择/root/anaconda3)，因为我这是一个容器，并且是一个人使用的.

4. 安装成功之后会出现以下界面：

5. 查看一下安装的python版本，会进入到anaconda中的python

   python --version
   

6. anaconda 速度较慢，切换一下清华的anaconda库（有时候清华源也会出错，后面会介绍如果因为Conda HTTP出错如何解决）：

   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
   conda config --set show_channel_urls yes
   conda config --show  #查看conda的配置
   

在linux中 condarc文件存储配置信息，比如 channel。在/etc/profile中配置conda安装路径，最后使用source /etc/profile奏效。

注：如果不知道condarc在哪里的同学，可以使用Linux的find命令查找

find / -name '.condarc'

Anaconda的一些命令

• 查看conda版本

  conda --version
  #root@20fcb282a111:~# conda --version
  #conda 4.3.30
  

• 创建一个新的环境

  conda create --name snowflake biopython
  

  这条命令将会给Biopython创建一个新的环境，位置在Anaconda安装文件的/envs/snowflakes

• 激活新环境

  Linux 中

  source activate snowflakes
  

  小技巧：
  新的开发环境会被默认安装在你conda目录下的envs文件目录下。你可以指定一个其他的路径；去通过
  conda create -h了解更多信息吧。

  小技巧：
  如果我们没有指定安装python的版本，conda会安装我们最初安装conda时所装的那个版本的python。

• 列出环境

  conda info --env
  

• Linux退出环境

  source deactivate
  

使用conda的时候出错

CondaHTTPError: HTTP 000 ConNECTION FAILED for url 
Elapsed: -

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

找到 condarc 文件，删除 -defaults:

崩溃了，有时是清华镜像的问题，参考。

vim ./condarc文件内容为

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

Ubuntu找不到 condarc文件

使用find命令

find / -name .condarc

开始 Jupyter Notebook的搭建

pip install ipython
pip install jupyter

# 生成配置文件
jupyter notebook --generate-config

# 生成密码
ipython
# 进入之后设置密码
from notebook.auth import passwd
passwd()

保存这段信息，用在之后的使用上。

#退出ipython程序
exit

编辑jupyter文件

vim /root/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

注意 c.NotebookApp.password前面有个u 然后是之前生成的密文字符

• 启动Jupyter

  • 直接启动命令：连接的窗口关闭了，容器的jupyter也关闭

    jupyter-notebook --allow-root
    

  • 后台启动命令——服务器在，jupyter就一直可以使用

    nohup jupyter notebook --allow-root > /jupyter/jupyter.log 2>&1
    

• docker 外部端口与 容器内部端口8888相对，然后使用网站进行连接

  这里有个小插曲，外部端口和内部端口映射时没有加防火墙

参考

linux上安装anaconda3并启用jupyter notebook远程服务的快速搭建指导

Anaconda and Jupyter Notebook Install Instructions - Ubuntu

Linux环境安装Anaconda3，并配置Jupyter Notebook远程访问

anaconda的使用

jupyter在anaconda的安装