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我何时应该在代码中使用pandas apply()?

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我何时应该在代码中使用pandas apply()?

apply,你根本不需要的便利功能
我们首先在OP中逐一解决问题。

“ 如果应用是如此糟糕,那么为什么要在API中使用它呢? ”

Dataframe.apply
Series.apply
是分别在
Dataframe
Series
对象上定义的便捷函数。apply接受任何在
Dataframe
上应用转换/聚合的用户定义函数。apply实际上是完成任何现有熊猫功能无法完成的灵丹妙药。

一些事情apply可以做到:

  • 在Dataframe或Series上运行任何用户定义的函数
  • 在Dataframe上按行(axis=1)或按列()应用函数axis=0
  • 应用功能时执行索引对齐
  • 使用用户定义的函数执行汇总(但是,我们通常更喜欢agg或transform在这种情况下)
  • 执行逐元素转换
  • 将汇总结果广播到原始行(请参阅result_type参数)。
  • 接受位置/关键字参数以传递给用户定义的函数。

…其他 有关更多信息,请参见文档中的行或列函数应用程序。

那么,具有所有这些功能,为什么apply不好?这是因为apply是 缓慢的。Pandas对功能的性质不做任何假设,因此需要时将其功能迭代地应用于每个行/列。此外,处理上述所有情况均意味着apply每次迭代都会产生一些重大开销。此外,apply会消耗更多的内存,这对于内存受限的应用程序是一个挑战。

在极少数情况下,apply适合使用(以下更多内容)。如果不确定是否应该使用apply,则可能不应该使用。

让我们解决下一个问题。

“ 如何当我应该让我的代码申请-免费? ”
重新说明一下,这是一些常见的情况,在这些情况下你将希望摆脱对的任何调用apply。

数值数据

如果你正在使用数字数据,则可能已经有一个矢量化的cython函数可以完全实现你要执行的操作(如果没有,请在

Stack Overflow
上提问或在GitHub上打开功能请求)。

比较apply简单的加法运算的性能。

df = pd.Dataframe({"A": [9, 4, 2, 1], "B": [12, 7, 5, 4]})df   A   B0  9  121  4   72  2   53  1   4df.apply(np.sum)A    16B    28dtype: int64df.sum()A    16B    28dtype: int64

在性能方面,没有任何可比的,被cythonized的等效物要快得多。不需要图表,因为即使对于玩具数据,差异也很明显。

%timeit df.apply(np.sum)%timeit df.sum()2.22 ms ± 41.2 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)471 µs ± 8.16 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000 loops each)即使你启用带有raw参数的原始数组传递,它的速度仍然是原来的两倍。%timeit df.apply(np.sum, raw=True)840 µs ± 691 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)

另一个例子:

df.apply(lambda x: x.max() - x.min())A    8B    8dtype: int64df.max() - df.min()A    8B    8dtype: int64%timeit df.apply(lambda x: x.max() - x.min())%timeit df.max() - df.min()2.43 ms ± 450 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)1.23 ms ± 14.7 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000 loops each)

通常,如果可能,寻找向量化的替代方案。

字符串/正则表达式

在大多数情况下,Pandas提供“矢量化”字符串函数,但是在极少数情况下,这些函数不会…“应用”,可以这么说。

一个常见的问题是检查同一行的另一列中是否存在一列中的值。

df = pd.Dataframe({    'Name': ['mickey', 'donald', 'minnie'],    'Title': ['wonderland', "welcome to donald's castle", 'Minnie mouse clubhouse'],    'Value': [20, 10, 86]})df     Name  Value Title0  mickey     20       wonderland1  donald     10  welcome to donald's castle2  minnie     86      Minnie mouse clubhouse

这应该返回第二行和第三行,因为“唐纳德”和“米妮”分别出现在它们的“标题”列中。

使用apply,这将使用

df.apply(lambda x: x['Name'].lower() in x['Title'].lower(), axis=1)0    False1     True2     Truedtype: booldf[df.apply(lambda x: x['Name'].lower() in x['Title'].lower(), axis=1)]     Name Title  Value1  donald  welcome to donald's castle     102  minnie      Minnie mouse clubhouse     86

但是,存在使用列表推导的更好解决方案。

df[[y.lower() in x.lower() for x, y in zip(df['Title'], df['Name'])]]     Name Title  Value1  donald  welcome to donald's castle     102  minnie      Minnie mouse clubhouse     86%timeit df[df.apply(lambda x: x['Name'].lower() in x['Title'].lower(), axis=1)]%timeit df[[y.lower() in x.lower() for x, y in zip(df['Title'], df['Name'])]]2.85 ms ± 38.4 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)788 µs ± 16.4 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000 loops each)

这里要注意的是apply,由于开销较低,因此迭代例程的运行速度比快。如果你需要处理NaN和无效的dtypes,则可以使用自定义函数在此基础上进行构建,然后可以在列表推导中使用参数进行调用。

有关何时应该将列表理解视为一个不错的选择的更多信息,请参阅我的文章:For循环使用熊猫-我何时应该关心?。

注意
日期和日期时间操作也具有矢量化版本。因此,例如,你应该更喜欢

pd.to_datetime(df['date'])
df['date'].apply(pd.to_datetime)

在docs上阅读更多内容 。

一个常见的陷阱:列表的爆炸列

s = pd.Series([[1, 2]] * 3)s0    [1, 2]1    [1, 2]2    [1, 2]dtype: object

人们很想使用

apply(pd.Series)
。就性能而言,这太可怕了。

s.apply(pd.Series)   0  10  1  21  1  22  1  2

更好的选择是列出该列并将其传递给

pd.Dataframe

pd.Dataframe(s.tolist())   0  10  1  21  1  22  1  2%timeit s.apply(pd.Series)%timeit pd.Dataframe(s.tolist())2.65 ms ± 294 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)816 µs ± 40.5 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000 loops each)

最后,

“ 有什么情况 apply 是好的吗? ”
Apply是一项便利功能,因此在某些情况下开销可以忽略不计,可以原谅。它实际上取决于函数被调用多少次。

为系列矢量化的函数,但不是Dataframes的函数
如果要对多列应用字符串操作该怎么办?如果要将多列转换为日期时间怎么办?这些函数仅对系列进行矢量化处理,因此必须将它们应用于要转换/操作的每一列。

df = pd.Dataframe(         pd.date_range('2018-12-31','2019-01-31', freq='2D').date.astype(str).reshape(-1, 2),          columns=['date1', 'date2'])df       date1      date20 2018-12-31 2019-01-021 2019-01-04 2019-01-062 2019-01-08 2019-01-103 2019-01-12 2019-01-144 2019-01-16 2019-01-185 2019-01-20 2019-01-226 2019-01-24 2019-01-267 2019-01-28 2019-01-30df.dtypesdate1    objectdate2    objectdtype: object

这是以下情况的可接受案例apply:

df.apply(pd.to_datetime, errors='coerce').dtypesdate1    datetime64[ns]date2    datetime64[ns]dtype: object

请注意,这对于stack还是有意义的,或者仅使用显式循环。所有这些选项都比使用稍快一些apply,但是差异很小,可以原谅。

%timeit df.apply(pd.to_datetime, errors='coerce')%timeit pd.to_datetime(df.stack(), errors='coerce').unstack()%timeit pd.concat([pd.to_datetime(df[c], errors='coerce') for c in df], axis=1)%timeit for c in df.columns: df[c] = pd.to_datetime(df[c], errors='coerce')5.49 ms ± 247 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)3.94 ms ± 48.1 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)3.16 ms ± 216 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)2.41 ms ± 1.71 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1 loop each)

你可以对其他操作(例如字符串操作或转换为类别)进行类似的设置。

u = df.apply(lambda x: x.str.contains(...))v = df.apply(lambda x: x.astype(category))

伏/秒

u = pd.concat([df[c].str.contains(...) for c in df], axis=1)v = df.copy()for c in df:    v[c] = df[c].astype(category)

等等…

将Series转换为str:astypevsapply

这似乎是API的特质。与使用相比,apply用于将Series中的整数转换为字符串可比(有时更快)astype。

在此处输入图片说明 使用该perfplot库绘制该图。

import perfplotperfplot.show(    setup=lambda n: pd.Series(np.random.randint(0, n, n)),    kernels=[        lambda s: s.astype(str),        lambda s: s.apply(str)    ],    labels=['astype', 'apply'],    n_range=[2**k for k in range(1, 20)],    xlabel='N',    logx=True,    logy=True,    equality_check=lambda x, y: (x == y).all())

使用浮点数时,我看到的astype速度始终与相同,或稍快于apply。因此,这与测试中的数据是整数类型有关。

GroupBy 链式转换操作

GroupBy.apply到目前为止尚未进行讨论,但GroupBy.apply它也是一个迭代便利函数,用于处理现有GroupBy函数未处理的任何事情。

一个常见的要求是执行GroupBy,然后执行两个主要操作,例如“滞后的累积量”:

df = pd.Dataframe({"A": list('aabcccddee'), "B": [12, 7, 5, 4, 5, 4, 3, 2, 1, 10]})df   A   B0  a  121  a   72  b   53  c   44  c   55  c   46  d   37  d   28  e   19  e  10

你需要在此处进行两个连续的groupby调用:

df.groupby('A').B.cumsum().groupby(df.A).shift()0     NaN1    12.02     NaN3     NaN4     4.05     9.06     NaN7     3.08     NaN9     1.0Name: B, dtype: float64

使用apply,你可以将其缩短为一个电话。

df.groupby('A').B.apply(lambda x: x.cumsum().shift())0     NaN1    12.02     NaN3     NaN4     4.05     9.06     NaN7     3.08     NaN9     1.0Name: B, dtype: float64

量化性能非常困难,因为它取决于数据。但是总的来说,apply如果目标是减少groupby通话,这是一个可以接受的解决方案(因为groupby它也很昂贵)。

其他注意事项
除了上述注意事项外,还值得一提的是apply在第一行(或列)上执行两次。这样做是为了确定该功能是否有任何副作用。如果不是,则apply可能能够使用快速路径来评估结果,否则将退回到缓慢的实施方式。

df = pd.Dataframe({    'A': [1, 2],    'B': ['x', 'y']})def func(x):    print(x['A'])    return xdf.apply(func, axis=1)# 1# 1# 2   A  B0  1  x1  2  y

GroupBy.apply
小于
0.25
的熊猫版本中也可以看到此行为(已固定为0.25,有关更多信息,请参见此处。)



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