WCF中的安全性实际上包含几个功能。两者之间的区别在于如何对消息进行签名和加密。
传输安全仅提供点对点通道安全。这意味着HTTPS仅在客户端和向客户端公开的服务器之间建立安全通道。但是，如果此服务器只是负载平衡器或反向代理服务器，则可以直接访问消息的内容。
消息安全性提供端到端通道安全性。这意味着安全性是传输数据的一部分，并且只有预期的目的地才能解密数据（负载平衡器或代理仅看到加密的消息）。在大多数情况下，邮件安全性还使用证书来提供加密和签名，但是它通常较慢，因为传输安全性可以使用硬件加速。
在高级方案中，可以组合使用这些方法。例如，您可以通过HTTPS与负载均衡器进行通信，因为您信任负载均衡器之后的内部网络，但是同时您可以对消息进行签名（消息安全性），以便证明它没有被更改。
两者之间的另一个区别是传输安全性与单个传输协议有关，而消息安全性则与传输协议无关。
消息安全性基于可互操作的协议（但请注意，并非WCF中的每个配置都可互操作）。WCF至少部分支持以下协议：
- WS-Security 1.0和1.1-加密，签名，令牌传输，时间戳等基本规则。
- UserName令牌配置文件1.0-用于传输用户名和密码的令牌的定义。该规范仅部分实现是因为开箱即用的WCF不支持摘要密码，并且需要将此令牌与传输或消息加密一起使用。
- X509令牌配置文件1.1-用于传输证书的令牌的定义。
- Kerberos令牌配置文件1.1-用于传输Kerberos票证的令牌的定义。
- SAML 1.1令牌配置文件1.0和1.1-用于联合安全性的令牌的定义。SAML 2.0由WIF提供。
- WS-SecurityPolicy 1.1和1.2-提供对在WSDL中定义安全性声明的支持。
- WS-SecureConversation 1.3和2005年2月-提供对安全会话的支持，在安全会话中，仅在首次呼叫期间交换凭据，而其余的通信使用唯一的安全令牌。
- WS-Trust 1.3和2005年2月-提供对联合方案和安全令牌服务（STS）的支持。
WCF还支持WS-I基本安全配置文件1.0，它只是具有规定配置的以前协议的子集。
对于不可互操作的功能，WCF提供了诸如Windows安全性或TLSNego和SPNego之类的功能（两者通常都应可互操作，但在许多SOAP堆栈中不可用）以用于服务凭证交换。
