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基于Docker使用HeuDiConv整理MRI数据(BIDS)

Linux 更新时间: 发布时间: IT归档 最新发布 模块sitemap 名妆网 法律咨询 聚返吧 英语巴士网 伯小乐 网商动力

基于Docker使用HeuDiConv整理MRI数据(BIDS)

基于Docker使用HeuDiConv整理MRI数据(BIDS)

1.在Win10pro安装Docker,参考Docker在Win10中的安装及相关配置
2.组织好待整理的数据:

-project
	-Dicom
		-sub-01
			-T1
			-Func
		-sub-02
		-...

2.打开Linux终端:打开Windows Powershell,输入bash运行
3.获取HeuDiConv镜像:docker pull nipy/heudiconv:latest
4.运行:

docker run --rm -it -v /mnt/c/UsersDesktop/project:/base nipy/heudiconv:latest -d /base/Dicom/sub-{subject}Desktop/project改为自己的项目路径,使用-v将该路径映射到/bash
/base/Dicom/sub-{subject}Desktop/project:/base nipy/heudiconv:latest -d /base/Dicom/{subject}/*/* -o /base/Nifti/ -f /base/Nifti/code/heuristic.py -s $sub -c dcm2niix -b --overwrite done

7.上传数据,验证是否符合BIDS要求,验证链接
参考:
【1】https://www.zhihu.com/column/c_1306280601625337856
【2】https://reproducibility.stanford.edu/bids-tutorial-series-part-2a/
【3】https://nipy.org/workshops/2017-03-boston/lectures/bids-heudiconv/#1
【4】https://www.youtube.com/watch?v=O1kZAuR7E00

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