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【迁移学习(Transfer L)全面指南】Pytorch处理体积数据

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【迁移学习(Transfer L)全面指南】Pytorch处理体积数据

学习了如何加载和表示2D图像,比如使用相机拍摄的图像。在诸如涉及CT(Computed Tomography)扫描等医学成像应用程序的情况下,通常需要处理从头到脚方向堆叠的图像序列,每个序列对应于整个身体的横截面。在CT扫描中,强度代表身体不同部位的密度:肺、脂肪、水、肌肉、骨骼,以密度递增的顺序排列,当在临床工作站上显示CT扫描时,会从暗到亮映射。根据穿过人体后到达检测器的X射线量计算每个点的密度,并使用一些复杂的数学运算将原始传感器数据反卷积(deconvolve)为完整体积数据。

CT具有单个的强度通道,这类似于灰度图像。通常在本地数据格式中,通道维度被忽略了,因此原始数据通常会具有三个维度。通过将单个2D切片堆叠到3D张量中,你可以构建表示对象的3D解剖结构的体积数据。与图3.3不同,下图中的额外的维表示物理空间中的偏移量,而不是可见光谱的特定频带。


我们并不会在此处详细介绍医学成像数据格式。现在,足以说存储体积数据的张量和存储图像数据的张量之间不存在根本差异。在通道(channel)维之后,你有一个额外的维——深度(depth),形成5D张量为N x C x D x H x W。

使用imageio模块中的volread函数加载一个CT扫描样本,该函数以文件夹作

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