从零开始用snakemake搭建完整的甲基化生信分析流程（第一章）

从零开始用snakemake搭建完整的甲基化生信分析流程
阅读文章后的收获：专业的snakemake编程技能；甲基化分析pipeline

作者比利时根特大学生物信息学硕士，5年生信分析师从业经验，快速响应读者问题，提供技术支持，欢迎订阅专栏

• 前言
• 一、snakemake简介
• 二、甲基化生物信息分析流程
• 三、分布书写snakemake代码

需求：在linux服务器上部署甲基化分析pipeline，并用snakemake管理分析流程

snakemake起源时间为2012年，开发之前市面上已经有很多开源的workflow engine如Biopipe，Galaxy等，snakemake开发的目的是为了解决一些之前已有的workflow engine的弊端，核心优势在于只使用git就可以在远程服务器上部署生信分析workflow，并以类似python语言syntax的形式展现。感兴趣可以阅读作者文献。