如何快速提取MIMIC-IV数据库中患者入ICU后首次测量的指标值？（上）

MIMIC-IV数据库视图扩展1：入ICU后的首次测量的生命体征

一、首次测量的生命体征

MIMIC-IV的first_day_vitalsign视图中提供了第一天测量的生命体征指标的最小、最大值与平均值，但是并没有提供视图供查询患者入ICU后首次测量的指标。

很多文章在提取变量的时候用到的都是患者入ICU后首次测量的值，为了方便大家提取这类数据，小编扩展了MIMIC-IV视图的代码，增加了首次测量的部分生命体征、实验室指标、体重等指标的物化视图。

今天给大家介绍的是生命体征指标视图，视图中涉及到的指标如下表所示

 

二、配置视图

1. 配置MIMIC-IV数据库官方视图

没有配置好MIMIC-IV官方视图的小伙伴，可以参考上一篇MIMIC-IV数据库视图一键配置

2. 一键获取首次测量的生命体征视图代码

联系小编即可

3. 创建索引

由于chartevents表所含数据量庞大，为了加快查询速度，在Navicat下执行下列SQL为chartevents表增加索引

CREATE INDEX idx_item_01 ON mimic_icu.chartevents (itemid);

4. 运行代码

5. 生成视图

漫长的等待后，首次测量的生命体征视图便生成了

三、代码解析（选读，供大家参考）

经过上述两步，首次测量的生命体征视图就已经安装好了，考虑到有些小伙伴可能需要其他首次测量的生命体征指标，小编在下面以心率为例给大家解析一下代码

1. d_items表获取心率的itemid：220045

--  这里用到 ~* ，而不是like %heart rate%模糊查询
--  是因为 ~* 不用区分大小写
select * from mimic_icu.d_items where label ~* 'heart rate';

2. 查找入ICU患者所有心率指标，按照测量时间排序，存入临时视图hr

create view hr AS(
select ce.subject_id,
    ce.stay_id,
    ce.charttime,
 -- 以下这句SQL来源于官方获取心率的代码。意思是0<心率<300则保留源数据，否则设为空值NULL
 CASE
    WHEN ((ce.itemid = 220045) AND (ce.valuenum > (0)::double precision) AND (ce.valuenum < (300)::double precision)) THEN ce.valuenum
            ELSE NULL::double precision
    END AS heart_rate,
 -- 这行代码的意思是以stay_id分组，然后以charttime升序，生成排名列chart_order
 row_number() over (PARTITION by stay_id ORDER BY charttime) as chart_order 
FROM mimic_icu.chartevents ce
WHERe ce.itemid = 220045)

3. 从hr中提取第一次测量的指标，存为视图ft_hr

create view ft_hr AS(select * from hr where chart_order = 1)

4. 与icustays连表

select ie.subject_id,ie.stay_id,
  t2.heart_rate as first_time_heart_rate 
  from mimic_icu.icustays ie left join ft_hr t2 using (stay_id)    

5. 合并上述代码

可以利用WITH创建子查询，使代码更优雅

-- 对应第2步
WITH hr AS 
(select ce.subject_id,
    ce.stay_id,
    ce.charttime,
 CASE
    WHEN ((ce.itemid = 220045) AND (ce.valuenum > (0)::double precision) AND (ce.valuenum < (300)::double precision)) THEN ce.valuenum
            ELSE NULL::double precision
    END AS heart_rate,
    row_number() over (PARTITION by stay_id ORDER BY charttime) as chart_order 
FROM mimic_icu.chartevents ce
WHERe ce.itemid = 220045
),
-- 对应第3步
ft_hr AS(select * from hr where chart_order = 1)
-- 对应第4步
select ie.subject_id,ie.stay_id,
  t2.heart_rate as first_time_heart_rate 
  from mimic_icu.icustays ie left join ft_hr t2 using (stay_id)

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