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【UCSC Genome Browser】比老东家还出名的基因组数据库

【UCSC Genome Browser】比老东家还出名的基因组数据库

UCSC基因组浏览器,比老东家还出名的数据库

对于生命科学从业者来讲,UCSC基因组浏览器可能并不陌生,这可是基因组的大百科全书,但是UCSC是什么呢…好像是加州大学。。什么。。什么。。分校。
好吧,我们一起百度下 UCSC

最先搜索出来的是UCSC Genome Browser,其次才是他的老东家 加州大学圣克什么。。分校(当然,这不重要…)

果然是一款比老东家还要出名的基因组数据库。

因为平时工作中经常会用到这个数据库,宝藏一般汇聚了各类信息,使你的工作事半功倍。所以计划仔细研究下这个数据库,同时整理出来分享给大家。

UCSC Genome Database(http://genome.ucsc.edu/)是加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)创立和维护的一个重要的生物学数据库,也是基因组研究过程中广泛使用的数据库。它包含了大量基因组数据,包括 基因注释信息(ENCODE )、基因组间的比对信息、重复序列、同源序列、 参考序列(mRNA, EST )、表型、表达谱、调控信息、保守性、变异、重复区域等一系列信息

UCSC 数据库提供了可视化工具 Genome Browser 去浏览基因组信息,对于浏览特定的感兴趣的区域是很有用的。可以针对自己的需要选择合适的类型进行分析。
UCSC 基因组数据库主要包含以下几个模块:

  • Mapping and Sequencing

  • Genes and Gene Predictions

  • Phenotype and Literature

  • mRNA and EST

  • expression

  • Regulation

  • Comparative Genomics

  • Neandertal Assembly and Analysis

  • Denisova Assembly and Analysis

  • Variation

  • Repeats

    每个模块下又包含了诸多子类,我会逐一的对每个模块进行介绍。

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