浮游植物的光合色素（pigment):
叶绿素（chlorophyll）、胡萝卜素（carotene）、叶黄素（lutein）和藻胆素（phycobelin）。各门藻类因所含色素不同，因此藻体呈现的颜色也不同，如绿藻门为鲜绿色、金藻门呈金黄色、蓝藻门多为蓝绿色等。
叶绿素有a、b、c、d、e五种类型：
叶绿素a普遍存在于光合生物（高等植物和藻类等），叶绿素b则仅存在于绿藻、裸藻和轮藻，这几门藻类的叶绿素组成与高等植物的相同，植物体呈绿色。叶绿素c存在于甲藻、隐藻、黄藻、金藻、硅藻和褐藻门，而红藻有叶绿素d，叶绿素e存在于金黄藻中。
胡萝卜素中最常见的是β-胡萝卜素，存在各门藻类中。藻胆素只在蓝藻、红藻及隐藻中发现。
藻类所共有色素为叶绿素a和β-胡萝卜素。
这就是为什么测得最多的是叶绿素a，因为chl-a能代表所有藻类的生物量。
