下面是Backward所需的脚本、输入文件（D007_DEL.gro … tip3p.itp，共12个文件）、输出文件（最后三个文件）
[user@localhost backward-v5]$ ll total 4576 -rwxrwxr-x. 1 user user 12167 Sep 23 23:16 initram-v5.sh -rwxrwxr-x. 1 user user 31833 Sep 23 02:07 backward.py drwxrwxr-x. 2 user user 4096 Sep 23 21:49 Mapping -rw-rw-r--. 1 user user 453042 Sep 23 21:20 dynamic-2us.gro -rw-rw-r--. 1 user user 52910 Sep 23 22:02 dynamic-2us-NOW.gro -rw-rw-r--. 1 user user 249392 Sep 23 21:46 D007_DEL.gro -rw-rw-r--. 1 user user 223919 Sep 23 21:45 D007_DEL.pdb -rw-rw-r--. 1 user user 1527645 Sep 23 22:02 topol.top -rw-rw-r--. 1 user user 85957 Sep 23 21:46 posre.itp -rw-rw-r--. 1 user user 71373 Jun 24 05:01 ffbonded.itp -rw-rw-r--. 1 user user 6003 Jun 24 05:01 ffnonbonded.itp -rw-rw-r--. 1 user user 947 Jun 24 05:01 forcefield.itp -rw-rw-r--. 1 user user 1948 Jun 24 05:01 gbsa.itp -rw-rw-r--. 1 user user 2164 Jun 24 05:01 ions.itp -rw-rw-r--. 1 user user 802 Jun 24 05:01 tip3p.itp -rw-rw-r--. 1 user user 382305 Sep 23 22:44 aa_amber.gro -rw-rw-r--. 1 user user 26632 Sep 23 22:43 backmapped.ndx -rw-rw-r--. 1 user user 1527645 Sep 23 22:43 backmapped.top
Backward下载initram-v5.sh、backward.py、Mapping（文件夹）。两个脚本用chmod +x initram-v5.sh/backward.py，更改成可执行文件。
dynamic-2us.gro 是粗粒化模拟后产生的 gro 文件，去除水和离子后得到 dynamic-2us-NOW.gro
D007_DEL.gro、D007_DEL.pdb、topol.top、posre.itp是通过gmx pdb2gmx产生
下面6个 .itp 文件是gmx pdb2gmx对应力场中的文件，拷贝过来，修改topol.top，具体格式：
; Include forcefield parameters ;#include "amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp" 程序产生的，修改成下面一行，把“amber14sb_parmbsc1.ff/ ”删除掉 #include "forcefield.itp" ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "posre.itp" #endif ; Include water topology ;#include "amber14sb_parmbsc1.ff/tip3p.itp" 同上 #include "tip3p.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include topology for ions ;#include "amber14sb_parmbsc1.ff/ions.itp" 同上 #include "ions.itp"
initram-v5.sh，修改后可用于gmx version 2021.1、 python 2版本，可用GPU进行计算，运行命令：
(python27) [user@localhost backward-v5]$ ./initram-v5.sh -f dynamic-2us-NOW.gro -o aa_amber.gro -from martini -to amber -p topol.top
参考：
martini 官方网站-backward
Martini粗粒化体系到全原子体系的反向映射
