本文对应第一个实例：basic_example.zip，分为七部分。七个部分即运行七个脚本，需要安装python后，在cmd命令行下运行。所有文件应该放在同一个文件夹中。我的在d盘demo文件夹中。
运行“cmd”（或者打开modeller程序）
输入“d：”回车
输入“cd demo”回车（你得告诉程序脚本要处理的文件在哪儿放着，把运行目录设置好了）
一、搜模版（build_profile.py脚本）
蓝框里的文件名都可以改成自己的，当然，不改肯定不会出错。
pdb_95.pir ：必要的输入文件，含有自然界95%蛋白结构的氨基酸序列数据库。
如果搜索不到自己想要的结构可以更换完整数据库pdball.pir，官网上有。
Build_profile.prf ：相当于程序的输出日志。
Build_profile.ali ：搜索到的氨基酸序列。
TvLDH.ali ：包含有需要建模的氨基酸序列。（蓝色部分需要自己粘贴进去，以星号“*”结尾）
设置好了参数运行后就是等了，用95%的库搜索很快，用全库就比较慢。完成后就会有Build_profile.ali与Build_profile.prf两个输出文件。（我用的是10.1的modeller程序与群里的python版本，其他版本可能需要在脚本名前面输入python再回车。）
打开pir后缀看一下日志:
第11列是你提交的氨基酸序列与下面蛋白的相似度；第12列分值越接近0，说明这个模版越适合你；短横线是缺少这一块氨基酸。
我们选都是0的几个模版（1bdm:A, 5mdh:A, 1b8p:A, 1civ:A, 7mdh:A），下载好pdb文件。为下一步做准备。
二、对比模版（compare.py脚本）
1b8p指的是蛋白质编号，A指的是A链。都可以根据情况适当更改。直接运行脚本，结果只会在cmd界面打印出来。而通过compare.py>compare.log的命令方式可以将信息输出到log文件里。
第一个主要信息是一个表，表以蓝色的对角线分成两个部分，对角线上是这个蛋白的氨基酸个数，对角线上方的三角是模版间的相似氨基酸个数，对角线下面是模版间的相似度。
第二个主要信息是下面这个树形结构。“@1.9”指的是pdb的分辨率为1.9埃。
选模版的标准主要有几种：模版间的相似性（适中最好）、晶体分辨率（越小越好）、与要建模的序列同一性（越大越好，在第一步的pir输出文件里有体现）、晶体R因子（越小越好，需要下载cif格式的模版蛋白质，用记事本打开，搜索R_factor）。
比较表明1civ:A和 7mdh:A在顺序和结构上几乎相同。然而，7mdh:A晶体学分辨率好2.4Å，排除了 1civ:A。第二组结构（5mdh:A、1bdm:A和 1b8p:A）有一些相似之处。在该组中， 5mdh:A的分辨率最差，仅考虑1bdm:A和 1b8p:A。1smk:A是整套可能模板中最多样化的结构。然而，它是与查询序列具有最低序列同一性 (34%) 的序列。最终选择1bdm:A 而不是1b8p:A和 7mdh:A，因为它具有更小的晶体学 R 因子 (16.9%) 和更高的序列同一性 (45%)。
三、对齐模版（align2d.py脚本）
运行的事，后面不会再说。蓝框里的东西都可以改名，但是你如果老报错，就不要改了(像TvLDH.ali、TvLDH)，只把涉及的到的部分修改就好（像1bdm、1bdmA、1bdm.pdb）。
四、建模（model_single.py脚本）
脚本按照 “TvLDH-1bdmA.ali”文件的对齐方式进行建模；knows的值即模版+链的方式；sequence的值指的是“TvLDH.ali”文件里第二行“sequence：”字段后的名字，如果前面几步操作的时候改了名字，后面都要注意更改。
在建模的同时，脚本会对模型进行评分，评分方式有molpdf（越小越好）、DOPE（越小越好）、GA341（越接近1越好），其中molpdf默认输出，DOPE、GA341需要在代码中指定。如果蛋白原子数特别多，建模就慢，我试过注释掉assess.GA341（不用这个评价方式）可以略微加快速度。
运行完成后输出5个pdb文件，及其打分情况。可以看出“TvLDH.B99990002.pdb”文件最好。
五、打分建模的模型（evaluate_model.py脚本）
运行完后，每个氨基酸对应的dope得分会存入“TvLDH.profile”文件中，我们这里不需要打开它。
六、打分对照的模版（evaluate_template.py脚本）
与第五步类似，区别在于需要指定模版蛋白的链，这里只用到它的A链
七、作图（plot_profiles.py.脚本）
此脚本运行之前需要python安装一个作图插件matplotlib，这个网上不少教程，不在此赘述。
由对齐文件、五六步打分的输出文件作为程序的输入文件，做了一个10:6、dpi为65的图像。
打分数值不是绝对好坏的标准，只能粗略的看一下，通过比较两条线形状上的差异，看潜在的错误。纵坐标-0.03是一个经常用的标准（我还没搞明白为啥）；横坐标表示氨基酸，90-100、220-250氨基酸能量明显偏高。DOPE 指示的可能错误不一定是实际错误，尤其是当它突出显示活动位点或蛋白质-蛋白质界面时（网站上的原话）。
对结构进行优化，可以通过对loop区的精炼、在模版中加入必要配体，限制配体与蛋白原子间距离、循环迭代建模等方法。这些方法下期再讲。
