用FSL进行VBM统计分析

randomise -i GM_mod_merg_s3.nii.gz -o fslvbm -m GM_mask.nii.gz -d design.mat -t design.con -n 5000 -T 1.准备数据 1.1 T1数据格式

(1)转格式 转成.nii
(2)方向调整
(3)所有T1数据放到同一个目录下面

1.2 Template_list

template_list 确定哪些被试用来做计算模板

查看数据 2.剥头皮 fslvbm_1_bet fslvbm_1_bet -b 用默认设置fslvbm_1_bet -N 去掉脖子后再剥头皮

#-f 0.3 表示剥掉几毫米的头皮 数值越大 剥头皮越厉害 可以参考一下别人的文献设置
fslvbm_1_bet -N -f 0.3 -B

3.数据分割 生成模板 fslvbm_2_template template -atemplate -n 只做第一步和第二步

fslvbm_2_template -n 

使用fslview fsleyes 检查struc 目录里面的template_GM_4D图像

fslview template_GM_4D.nii.gz

4.后处理 标准化、调制、平滑 fslvbm_3_proc

GM_mod_merg_s3.nii.gz
所有被试平滑后的灰质密度值 可以拿去做统计。

5.统计检验

研究假设和设计 设计矩阵、对比矩阵。

randomise 命令参数

-i 统计对象 灰质密度值文件
-m mask (限制统计范围
-o fslvbm 统计输出文件的前缀
-d 设计矩阵 描述实验设计信息
-t 对比矩阵 描述统计对比信息
-T -c 等 描述统计方法
-n 5000 置换次数

randomise -i GM_mod_merg_s3.nii.gz -o fslvbm -m GM_mask.nii.gz -d design.mat -t design.con -n 5000 -T

corrp_tstat1* (T检验 1-p值统计结果
corrp_fstat1* F检验 5.2查看结果。

FSLview查看 — 打开结果图 – 卡p 0.05 fslview中卡 0.95

cluster: cluster -i 统计结果图 -t (1-p阈值 -o 输出结果
核团体素数量 峰值点值 坐标 保留了各个核团位置信息的nii文件
报脑区 FSLview – atlas tool; atlasquery提取单个核团 fslmaths
fslmaths result_08 保留了各个核团位置信息的nii文件 -thr 4 -uthr 4 cluster04 4号核团文件名 提取某脑区的灰质密度值 fslmeants

fslmeants -i GM_mod_merg_s3.nii.gz 灰质密度值文件 -m cluster04 感兴趣脑区 -o meants.txt 输出指标存放在文本文档中