你的metadata和你的菌群之间是否有关系呢？这一定会很多人关心的问题。本节我们就来讨论如何探究菌群组成和metadata中指标之间的相关性。
metadata和菌群之间是否有关系呢？为了回答这个问题，我们可以使用Qiime1中提供的observation_metadata_correlation.py命令，查看你metadata文件中的指标与OTU之间是否存在相关性，是正相关还是负相关。
具体的命令如下，其中-s可以选择包括spearman在内的pearson, kendall, cscore方法。
observation_metadata_correlation.py -i otu_table.biom -o correlation_results.txt -m mapping_file.txt -c DaysSinceExperimentStart -s spearmanMaAslin
当然除了自带的方法我们还可以使用其他方法，比如MaAslin。MaAslin是一个非常实用的进行多元统计分析的工具。比如当你发现抽烟、喝酒对你的菌群结果会产生影响，而你只关注疾病对菌群的影响，你就要把抽烟喝酒对菌群的影响剔除，那怎么办呢？MaAslin就可以帮助你，具体的可以见：http://huttenhower.sph.harvard.edu/maaslin
MaAslin
安装 Install下载QIIME-to-Maaslin至你的Home文件夹
# Download qiimetomaaslin to your HOME folderwget -P ~/ https://bitbucket.org/biobakery/qiimetomaaslin/downloads/qiimetomaaslin.zip# Decompress the packageunzip ~/qiimetomaaslin.zip
下载Maaslin至你的Home文件夹
# Download MaAslin to your HOME folderwget -P ~/ https://bitbucket.org/biobakery/maaslin/downloads/Maaslin_0.0.4.tar.gz# Decompress the packagetar -xvf ~/Maaslin_0.0.4.tar.gz
安装其他依赖的包
# install required python packagespip install blist pip install biopython# Install the package and dependenciesR CMD INSTALL ~/Maaslin_0.0.4.tar.gz使用 Usage
将BIOM文件转化成Text文件
# Convert OTU table to txtbiom convert -i otu_table.biom -o otu_table.tsv --to-tsv --header-key taxonomy创建修改Mapping文件
如果你是在Excel中编辑的Mapping文件，那么你必须以Windows-Formatted.txt文件形式存储一个表格，否则可能会报错。
合并metadata和OTU丰度表python ~/qiimetomaaslin/src/qiimeToMaaslin.py otu_mapping_filtered.txt < otu_table.tsv > maaslin_input.pcl运行MaAslin
下面是一个最基础关于分析相关性代码，关于如何剔除其他因素的影响，将会在之后具体讲解。
Rscript ~/Maaslin_0.0.3/R/Maaslin.R --lastmetadata 13 --fdr 0.05 maaslin_input.pcl maaslin_output
作者：jlyq617
链接：https://www.jianshu.com/p/c84112f90c68
