mongodb是一个文档型的分布式数据库，侧重点在于数据库，有索引等传统数据库的概念在里面，里面存储的一般是伪JSON。
hadoop目前不单单指某一个产品，指的是一个生态，主要侧重点在于数据分析。里面组件一般有（都是分布式产品）：HDFS、MapRedcue、Tez、spark、Yarn、Hbase、Cassandra等，可以访问http://hadoop.apache.org/ 其中Hbase、Cassandra也可以为一个数据库。
可以做的包括：ETL、数据分析、流式实时计算、机器学习、在线查询等。
hadoop的强处在于分布式存储及运算，mongodb则是一个数据库。它们都能用map-reduce，hadoop是多台机器协同运算，mongodb则仅是单机多核运算。
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