两者适用于不同的程序，大体上有以下区别：
MS_SQL是微软的那个SQL Server，运行于windows 2003,2008,2012等平台，一般跟asp和asp.net结合使用,也可以作为其他程序的数据库。
MySQL是个开源的数据库Server，可运行在windows平台、unixlinux平台，一般跟PHP一起结合使用
比较：
1、MS_SQL体积大，MySQL体积小；
2、MS_SQL只能用在Windows下，MySQL是多平台的；
3、MySQL是为WEB数据库设计的，特点是响应速度特别快。MS_SQL在这方面当然比不上。
4、MS_SQL是对于中小数据量进行处理，MySQL只针对小数据量进行处理，如果你的数据量相对大的话建议你选择MS_SQL。
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