利用立体序列的超高空间分辨率、大视场和高 RNA 捕获灵敏度，spateo 通过核染色和基于 RNA 信号的细胞分割来实现单细胞空间分辨率的转录组。 Spateo 提供了用于空间约束聚类以识别连续组织域、空间感知差异分析以揭示空间基因表达hotspots 和 modules，以及分析错综复杂的配体-受体互作的新方法。因此，Spateo 使我们能够从单细胞的还原论发展到组织和器官的整体论，预示着研究组织和器官生态学的范式转变，同时仍然为我们提供了揭示相关分子机制的机会。
软件仓库：spateo-release https://github.com/aristoteleo/spateo-release
1、在线安装 Linux 下conda环境内配置spateo新建一个 pyhton_3.9.0 的conda环境 Spateo 用来测试 spateo 软件，注意 spateo 不支持 Python 3.7 以下更早期的 Python 版本
conda create -n Spateo python=3.9.0 -y
conda activate Spateo
如果当前系统环境没有GUN编译器的话会在安装过程报异常error: command 'gcc' failed: No such file or directory
conda install -c conda-forge cxx-compiler=1.2.0 -y ### conda 环境安装GUN 编译器套件
由于当前spateo软件依赖包的numba依赖包版本管理有些问题，需要提前安装较高版本的 numba
conda install numba==0.55.1 ### 推荐安装 numba 0.55.1
通过git工具从 GitHub 仓库直接拉取安装最新版本的 spateo
conda install git ### 安装git工具
pip install git+https://github.com/aristoteleo/spateo-release ### 拉取仓库
关于python下自动"import dynamo"打开 ipython 异常处理异常是由spateo全局调用dynamo 引起的，解决是将全局调用dynamo 改为局部调用，以下是涉及全局调用dynamo的spateo模块和对应的仅使用spateo的函数
① /Minconda/envs/Spateo/lib/python3.9/site-packages/spateo/plotting/static/position.py :: 函数"def position"
》》》接下来就可以正常在脚本环境调用spateo了,上面提到的异常已反馈给开发人员，有待更新处理
安装Scanpy 等辅助包 ，作为辅助流程使用conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg -y
pip install scanpy stardist imagecodecs cdlib
2、离线安装 注意当计算机网络不能访问GitHub拉去仓库的时候，按以下教程进行离线安装
以下离线包已上传在CSDN，打包下载使用
miniconda
spateo
1)、安装好miniconda并创建软件环境执行 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh按提示安装好 conda
conda create -n Spateo python=3.9.0 -y 配置环境
conda activate Spateo 激活环境
当前系统环境没有GUN编译器,就在当前conda环境配置一个conda install -c conda-forge cxx-compiler=1.2.0 -y，有的话就忽略这一步！
部分依赖包需要提前安装好，顺序执行以下命令
conda install numba=0.55.1 numpy=1.21.6 anndata=0.7.5 Cython=0.29.30 pillow aiohttp=3.8.1 pyyaml cffi=1.15.0 -y
conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg
pip install mkdocs==1.3.1 cdlib scanpy stardist imagecodecs
2)、离线安装 spateo 软件解压下载好的的 “spateo-release-main(修改版).zip” :unzip spateo-release-main(修改版).zip
move spateo-release-main(修改版) spateo-release && cd spateo-release
首先执行python setup.py install
在过程中如果出现依赖包无法安装，请使用conda install或 pip install 安装,然后再次执行python setup.py install！
如果安装到最后报异常:KeyError: "There is no item named 'nbconvert/tests/***，使用安装命令 pip install -v -e .处理
