这部分内容虽然在csdn上已经有很多帖子了，作为一个刚接触这个领域的小白，我也是站在前人的肩膀上一步一步的安装过来的，其中有些波折，本贴主要是为了简单记录一下（甚至有些不理解的问题），交流记录为主（如果有大神能解决我提出的问题十分欢迎和感谢），也以免之后自己重装忘记，如果能够帮助到类似的问题更好。
本文的整个框架以及主要的流程是基于以下这篇文章（内容很详细，其中找的资源参考很全面），在大体上和这篇文章一模一样的情况下，主要加入了一些个人遇到的问题，过程记录为主。
（踩坑向+靠谱安装贴记录）ubuntu20.04安装freesurfer、FSL、ANTs、MRtrix，虚拟机
目前安装了两个FSL,MRtrix先记录一下，（后续安装Freesufer,ANTs再作补充）
0. 虚拟机VMware以及Linux Ubuntu版本安装八分钟完成VMware和ubuntu系统安装
根据其中的流程，第0步先安装VMware和Ubuntu（Linux), 其中说用VMware16的版本搭配Ubuntu20，说其他版本的VMware可能有Ubuntu开机问题。但我使用VMware15.5有一段时间了，没有升级到VMware16，安装Ubuntu后目前未发现任何问题。
目前我给这个虚拟机分配了4G内存，2处理器*2内核=一共4个内核，40GB存储，网络NAT，据不过安装之后不够用都是可以调整的。
-------------------------------------------------------补充（番外）----------------------------------------------------
有一次Ubuntu虚拟机使用途中突然就没网了，检查电脑主机是有网的，找了很多文章没发现问题，但是这篇文章直击要害，目前虽然还是不知道是动了哪里，怎么引起的，但是根据这个步骤就解决了。
Ubuntu突然无法上网解决
1 安装FSL在前人血的教训下没有踩坑清华和中科大的镜像（据说功能不全）在官网下载 fslinstaller.py 后通过python运行安装。但好像目前Ubuntu都是默认python3了，说运行这个fsl的安装程序用python2靠谱一点，我还安装切换了一下python2来运行。（但不知道为什么我看教程都是python命令就默认python2了，但我的终端里必须写明指令python2或者python3来运行，写python他不认识）
具体安装过程参考，保姆级别的教程
Ubuntu通过python脚本安装FSL
但是在自动安装过程运行python fslinstaller.py就很玄学（慢+不稳定）了，我看网上有别人说失败次数太多（5次）就放弃了。我还算幸运，失败了两次。大约4GB的FSL大小，第一次用了一个小时安装了1%失败了，他自动开始第二次安装，用40分钟安装了2%。之后第三次就顺利成功了，但时间较长，我让他在那放了一整夜，大约7，8个小时（据说晚上速度快？反正以白天的速度计算大概需要40个小时，但一晚上之后就安装好了）
当然这个安装速度根据不同电脑性能，网络速度等因人而异，这里我主要是记录一下，在这一步不用着急。
在最后一步配置时遇到一点小问题，在这里这个.之后忽略了一个空格，导致一直失败，后来找到了就好了（虽然我还不理解这里的原因，但应该是个Ubuntu指令原理的细节问题）
历经15小时的艰难险阻，最后成功打开fsl界面。
2 安装MRtrix 2.1 通过编译安装主要参考这个视频，讲解很详细
MRtrix3-弥散像分析和神经纤维束追踪-01：安装MRtrix3
大概步骤分为 1.安装依赖 2.在git上下载源码（这步可能不稳定，最上面文章有解决办
（cd进入mrtrix3文件夹）3.configure 4. build
我跟着这个步骤走下来，前三步都很快很顺利。但是到了最后一步build编译就疯狂报错。根据上面博主教程说依赖没有问题编译就应该没有问题，但我觉得这一步遇到的问题不止如此，很多偶然性，难以预料。
-----------------------------------------------------问题记录（未完全解决）-------------------------------------------
第一个问题我是遇到的
ERROR: (195/546) [CC] tmp/cmd/mrregister.o
都说MRtrix官网上的community很好，你提问题官方一般人员一周之内都会给你回复（我的24小时左右都回复了）。
所以我问了这个问题，官方人员给出的问题可能是给虚拟机分配的内存可能不足（他说要一个核至少1GB内存）我最开始4个核分的4GB就有点紧张，我改成了4个核分配8GB就果然解决了这个问题。
结果紧接着越过了这个问题又遇到了第二个问题
ERROR: (209/546) [LB] bin/shview
事到如此，已经发现这个编译法不简单，果断换成anaconda安装。以上这个问题也没在深究了，如果有知道的朋友也欢迎解答。
2.2 通过Anaconda安装（预编译版本）这个方法应该是官网也比较推荐的方法（一键到位），整个安装不到五分钟（加上装anaconda就十分钟）。就两行conda命令，安装好后也不需要部署环境，配置路径。
但有看到说这种预编译版本可能有gpu无法加速的问题，目前我还没有遇到。
主要参考【脑神经软件安装记录】UBUNTU18.04、MRTRIX3、FSL安装记录
另外，通过anaconda装的mrtrix的安装位置比较隐蔽，询问后应该是在anaconda的默认目录下。
（再次感叹mrtrix community的强大，这种琐碎的问题也有很快的回复）
另外附上mrtrix有个conda操作的详细指导地址 MRtrix Anaconda Documentation
最终通过mrview打开mrtrix测试安装完成
