在数据分析和建模的过程中,相当多的时间要用在数据准备上:加载、清理、转换以及重塑。这些工作会占到分析师时间的80%或更多。有时,存储在文件和数据库中的数据的格式不适合某个特定的任务。许多研究者都选择使用通用编程语言(如Python、Perl、R或Java)或UNIX文本处理工具(如sed或awk)对数据格式进行专门处理。幸运的是,pandas和内置的Python标准库提供了一组高级的、灵活的、快速的工具,可以让你轻松地将数据规整为想要的格式。
一、处理缺失数据在许多数据分析工作中,缺失数据是经常发生的。pandas的目标之一就是尽量轻松地处理缺失数据。例如,pandas对象的所有描述性统计默认都不包括缺失数据。
1.1pandas处理缺失数据在许多数据分析工作中,缺失数据是经常发生的。pandas的目标之一就是尽量轻松地处理缺失数据。例如,pandas对象的所有描述性统计默认都不包括缺失数据。
1.1.1 pandas 中缺失数据(nan)的判别方式缺失数据在pandas中呈现的方式有些不完美,但对于大多数用户可以保证功能正常。对于数值数据,pandas使用浮点值NaN(Not a Number)表示缺失数据。我们称其为哨兵值,可以方便的检测出来:
In [10]: string_data = pd.Series(['aardvark', 'artichoke', np.nan, 'avocado']) In [11]: string_data Out[11]: 0 aardvark 1 artichoke 2 NaN 3 avocado dtype: object In [12]: string_data.isnull() Out[12]: 0 False 1 False 2 True 3 False dtype: bool1.1.2 Python内置的None值在对象数组中也可以作为NA:
In [13]: string_data[0] = None In [14]: string_data.isnull() Out[14]: 0 True 1 False 2 True 3 False dtype: bool1.1.3滤除缺失数据 1)pandas
过滤掉缺失数据的办法有很多种。你可以通过pandas.isnull或布尔索引的手工方法,但dropna可能会更实用一些。对于一个Series,dropna返回一个仅含非空数据和索引值的Series:
①第一种方式(data.dropna())个人感觉这种更方便In [15]: from numpy import nan as NA In [16]: data = pd.Series([1, NA, 3.5, NA, 7]) In [17]: data.dropna() Out[17]: 0 1.0 2 3.5 4 7.0 dtype: float64②第二种方式(data[data.notnull()])
In [18]: data[data.notnull()] Out[18]: 0 1.0 2 3.5 4 7.0 dtype: float642)dataframe
而对于DataFrame对象,事情就有点复杂了。你可能希望丢弃全NA或含有NA的行或列。
①dropna默认丢弃任何含有缺失值的行:In [19]: data = pd.DataFrame([[1., 6.5, 3.], [1., NA, NA],
....: [NA, NA, NA], [NA, 6.5, 3.]])
In [20]: cleaned = data.dropna()
In [21]: data
Out[21]:
0 1 2
0 1.0 6.5 3.0
1 1.0 NaN NaN
2 NaN NaN NaN
3 NaN 6.5 3.0
In [22]: cleaned
Out[22]:
0 1 2
0 1.0 6.5 3.0
②传入how='all’
1.丢弃全为NA的行
In [23]: data.dropna(how='all')
Out[23]:
0 1 2
0 1.0 6.5 3.0
1 1.0 NaN NaN
3 NaN 6.5 3.0
#另一个滤除DataFrame行的问题涉及时间序列数据。假设你只想留下一部分观测数据,可以用thresh参数实现此目的:
n [27]: df = pd.DataFrame(np.random.randn(7, 3))
In [32]: df.dropna(thresh=2)
Out[32]:
0 1 2
2 0.092908 NaN 0.769023
3 1.246435 NaN -1.296221
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
2.丢弃全为NA的列(只需传入axis=1即可:)
In [24]: data[4] = NA
In [25]: data
Out[25]:
0 1 2 4
0 1.0 6.5 3.0 NaN
1 1.0 NaN NaN NaN
2 NaN NaN NaN NaN
3 NaN 6.5 3.0 NaN
In [26]: data.dropna(axis=1, how='all')
Out[26]:
0 1 2
0 1.0 6.5 3.0
1 1.0 NaN NaN
2 NaN NaN NaN
3 NaN 6.5 3.0
1.1.4填充缺失数据(fillna)
一)普通方法
你可能不想滤除缺失数据(有可能会丢弃跟它有关的其他数据),而是希望通过其他方式填补那些“空洞”。对于大多数情况而言,fillna方法是最主要的函数。通过一个常数调用fillna就会将缺失值替换为那个常数值:
In [33]: df.fillna(0)
Out[33]:
0 1 2
0 -0.204708 0.000000 0.000000
1 -0.555730 0.000000 0.000000
2 0.092908 0.000000 0.769023
3 1.246435 0.000000 -1.296221
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
二)通过字典调用
若是通过一个字典调用fillna,就可以实现对不同的列填充不同的值:
df.fillna({1: 0.5, 2: 0}
#1:0指的是column为1中nan全部填充为0.5
#2:0 指的是column为2中nan全部填充为0
In [34]: df.fillna({1: 0.5, 2: 0})
Out[34]:
0 1 2
0 -0.204708 0.500000 0.000000
1 -0.555730 0.500000 0.000000
2 0.092908 0.500000 0.769023
3 1.246435 0.500000 -1.296221
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
三)现有对象进行就地修改:
In [35]: _ = df.fillna(0, inplace=True)
In [36]: df
Out[36]:
0 1 2
0 -0.204708 0.000000 0.000000
1 -0.555730 0.000000 0.000000
2 0.092908 0.000000 0.769023
3 1.246435 0.000000 -1.296221
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
四)对reindexing有效的那些插值方法也可用于fillna:
In [37]: df = pd.DataFrame(np.random.randn(6, 3))
In [38]: df.iloc[2:, 1] = NA
In [39]: df.iloc[4:, 2] = NA
In [40]: df
Out[40]:
0 1 2
0 0.476985 3.248944 -1.021228
1 -0.577087 0.124121 0.302614
2 0.523772 NaN 1.343810
3 -0.713544 NaN -2.370232
4 -1.860761 NaN NaN
5 -1.265934 NaN NaN
①method=‘ffill’
在这里插入代In [41]: df.fillna(method='ffill')
Out[41]:
0 1 2
0 0.476985 3.248944 -1.021228
1 -0.577087 0.124121 0.302614
2 0.523772 0.124121 1.343810
3 -0.713544 0.124121 -2.370232
4 -1.860761 0.124121 -2.370232
5 -1.265934 0.124121 -2.370232码片
②method=‘ffill’, limit=2
limit=2是使一行里有两个nan的被上一行自动填充
In [42]: df.fillna(method='ffill', limit=2)
Out[42]:
0 1 2
0 0.476985 3.248944 -1.021228
1 -0.577087 0.124121 0.302614
2 0.523772 0.124121 1.343810
3 -0.713544 0.124121 -2.370232
4 -1.860761 NaN -2.370232
5 -1.265934 NaN -2.370232
③传入series平均值
In [43]: data = pd.Series([1., NA, 3.5, NA, 7]) In [44]: data.fillna(data.mean()) Out[44]: 0 1.000000 1 3.833333 2 3.500000 3 3.833333 4 7.000000 dtype: float64二、数据转换
本章到目前为止介绍的都是数据的重排。另一类重要操作则是过滤、清理以及其他的转换工作。
2.1移除重复数据 2.1.1表示各行是否是重复行DataFrame的duplicated方法返回一个布尔型Series,表示各行是否是重复行(前面出现过的行):
In [47]: data.duplicated() Out[47]: 0 False 1 False 2 False 3 False 4 False 5 False 6 True dtype: bool2.1.2去除重复的行(drop_duplicates方法)
drop_duplicates方法,它会返回一个DataFrame,重复的数组会标为False:
①判断并去除全部列In [48]: data.drop_duplicates()
Out[48]:
k1 k2
0 one 1
1 two 1
2 one 2
3 two 3
4 one 3
5 two 4
②判断并去除指定列
你也可以指定部分列进行重复项判断。假设我们还有一列值,且只希望根据k1列过滤重复项:
In [49]: data['v1'] = range(7)
In [50]: data.drop_duplicates(['k1'])
Out[50]:
k1 k2 v1
0 one 1 0
1 two 1 1
③ 去除前面而保留最后一个重复
duplicated和drop_duplicates默认保留的是第一个出现的值组合。传入keep='last’则保留最后一个:
In [51]: data.drop_duplicates(['k1', 'k2'], keep='last')
Out[51]:
k1 k2 v1
0 one 1 0
1 two 1 1
2 one 2 2
3 two 3 3
4 one 3 4
6 two 4 6
2.2利用函数或映射进行数据转换
1)分步的方法
例子数据
In [52]: data = pd.DataFrame({'food': ['bacon', 'pulled pork', 'bacon',
....: 'Pastrami', 'corned beef', 'Bacon',
....: 'pastrami', 'honey ham', 'nova lox'],
....: 'ounces': [4, 3, 12, 6, 7.5, 8, 3, 5, 6]})
In [53]: data
Out[53]:
food ounces
0 bacon 4.0
1 pulled pork 3.0
2 bacon 12.0
3 Pastrami 6.0
4 corned beef 7.5
5 Bacon 8.0
6 pastrami 3.0
7 honey ham 5.0
8 nova lox 6.0
①编写肉类到动物的映射(字典)
meat_to_animal = {
'bacon': 'pig',
'pulled pork': 'pig',
'pastrami': 'cow',
'corned beef': 'cow',
'honey ham': 'pig',
'nova lox': 'salmon'
}
②将肉类的首字母统一成小写(Series的str.lower方法)
In [55]: lowercased = data['food'].str.lower() In [56]: lowercased Out[56]: 0 bacon 1 pulled pork 2 bacon 3 pastrami 4 corned beef 5 bacon 6 pastrami 7 honey ham 8 nova lox Name: food, dtype: object③完成分类
In [57]: data['animal'] = lowercased.map(meat_to_animal)
In [58]: data
Out[58]:
food ounces animal
0 bacon 4.0 pig
1 pulled pork 3.0 pig
2 bacon 12.0 pig
3 Pastrami 6.0 cow
4 corned beef 7.5 cow
5 Bacon 8.0 pig
6 pastrami 3.0 cow
7 honey ham 5.0 pig
8 nova lox 6.0 salmon
2)编写一个函数,一次性完成所有步骤(虽然一次性完成了,但是没显示出来columns和对应的列)
In [59]: data['food'].map(lambda x: meat_to_animal[x.lower()]) Out[59]: 0 pig 1 pig 2 pig 3 cow 4 cow 5 pig 6 cow 7 pig 8 salmon Name: food, dtype: object2.3替换值
首先我们给出一个例子
In [60]: data = pd.Series([1., -999., 2., -999., -1000., 3.]) In [61]: data Out[61]: 0 1.0 1 -999.0 2 2.0 3 -999.0 4 -1000.0 5 3.0
-999这个值可能是一个表示缺失数据的标记值。要将其替换为pandas能够理解的NA值,我们可以利用replace来产生一个新的Series(除非传入inplace=True#作用是不创建新的对象,直接对原始对象进行修改):
In [62]: data.replace(-999, np.nan) Out[62]: 0 1.0 1 NaN 2 2.0 3 NaN 4 -1000.0 5 3.0 dtype: float642.3.1一次替换多个值 ①多个值替换成一个值(列表对着单个的值)
In [63]: data.replace([-999, -1000], np.nan) Out[63]: 0 1.0 1 NaN 2 2.0 3 NaN 4 NaN 5 3.0 dtype: float64②多个值对应替换成不同的值
In [64]: data.replace([-999, -1000], [np.nan, 0]) Out[64]: 0 1.0 1 NaN 2 2.0 3 NaN 4 0.0 5 3.0 dtype: float64③通过字典来实现一个个对应修改
In [65]: data.replace({-999: np.nan, -1000: 0})
Out[65]:
0 1.0
1 NaN
2 2.0
3 NaN
4 0.0
5 3.0
dtype: float64
笔记:data.replace方法与data.str.replace不同,后者做的是字符串的元素级替换。我们会在后面学习Series的字符串方法。
2.4重命名轴索引跟Series中的值一样,轴标签也可以通过函数或映射进行转换,从而得到一个新的不同标签的对象。轴还可以被就地修改,而无需新建一个数据结构。接下来看看下面这个简单的例子:
In [66]: data = pd.DataFrame(np.arange(12).reshape((3, 4)), ....: index=['Ohio', 'Colorado', 'New York'], ....: columns=['one', 'two', 'three', 'four'])2.4.1改变轴索引 ① 轴索引切片并令其大写
In [67]: transform = lambda x: x[:4].upper() In [68]: data.index.map(transform) Out[68]: Index(['OHIO', 'COLO', 'NEW '], dtype='object')②将轴索引赋值给index实现对dt的就地修改
In [69]: data.index = data.index.map(transform) In [70]: data Out[70]: one two three four OHIO 0 1 2 3 COLO 4 5 6 7 NEW 8 9 10 112.4.2创建数据集的转换版(不是修改原始数据)(rename) ①index=str.title, columns=str.upper
In [71]: data.rename(index=str.title, columns=str.upper)
Out[71]:
ONE TWO THREE FOUR
Ohio 0 1 2 3
Colo 4 5 6 7
New 8 9 10 11
②rename可以结合字典型对象实现对部分轴标签的更新
In [72]: data.rename(index={'OHIO': 'INDIANA'},
....: columns={'three': 'peekaboo'})
Out[72]:
one two peekaboo four
INDIANA 0 1 2 3
COLO 4 5 6 7
NEW 8 9 10 11
③rename就地修改(inplace=True)
rename可以实现复制DataFrame并对其索引和列标签进行赋值。如果希望就地修改某个数据集,传入inplace=True即可:
In [73]: data.rename(index={'OHIO': 'INDIANA'}, inplace=True)
In [74]: data
Out[74]:
one two three four
INDIANA 0 1 2 3
COLO 4 5 6 7
NEW 8 9 10 11
2.5检测和过滤异常值
①创建一个正态分布数据的dt
In [92]: data = pd.DataFrame(np.random.randn(1000, 4))
#1000组数据,四列
In [93]: data.describe()
Out[93]:
0 1 2 3
count 1000.000000 1000.000000 1000.000000 1000.000000
mean 0.049091 0.026112 -0.002544 -0.051827
std 0.996947 1.007458 0.995232 0.998311
min -3.645860 -3.184377 -3.745356 -3.428254
25% -0.599807 -0.612162 -0.687373 -0.747478
50% 0.047101 -0.013609 -0.022158 -0.088274
75% 0.756646 0.695298 0.699046 0.623331
max 2.653656 3.525865 2.735527 3.366626
②假设你想要找出某列中绝对值大小超过3的值:
In [94]: col = data[2] In [95]: col[np.abs(col) > 3] Out[95]: 41 -3.399312 136 -3.745356 Name: 2, dtype: float64③要选出全部含有“超过3或-3的值”的行,你可以在布尔型DataFrame中使用any方法:
In [96]: data[(np.abs(data) > 3).any(1)]
Out[96]:
0 1 2 3
41 0.457246 -0.025907 -3.399312 -0.974657
60 1.951312 3.260383 0.963301 1.201206
136 0.508391 -0.196713 -3.745356 -1.520113
235 -0.242459 -3.056990 1.918403 -0.578828
258 0.682841 0.326045 0.425384 -3.428254
322 1.179227 -3.184377 1.369891 -1.074833
544 -3.548824 1.553205 -2.186301 1.277104
635 -0.578093 0.193299 1.397822 3.366626
782 -0.207434 3.525865 0.283070 0.544635
803 -3.645860 0.255475 -0.549574 -1.907459
③将值限制在区间-3到3以内
#将大于3的变成根据自己正负成为±1
In [97]: data[np.abs(data) > 3] = np.sign(data) * 3
In [98]: data.describe()
Out[98]:
0 1 2 3
count 1000.000000 1000.000000 1000.000000 1000.000000
mean 0.050286 0.025567 -0.001399 -0.051765
std 0.992920 1.004214 0.991414 0.995761
min -3.000000 -3.000000 -3.000000 -3.000000
25% -0.599807 -0.612162 -0.687373 -0.747478
50% 0.047101 -0.013609 -0.022158 -0.088274
75% 0.756646 0.695298 0.699046 0.623331
max 2.653656 3.000000 2.735527 3.000000
根据数据的值是正还是负,np.sign(data)可以生成1和-1:
In [99]: np.sign(data).head()
Out[99]:
0 1 2 3
0 -1.0 1.0 -1.0 1.0
1 1.0 -1.0 1.0 -1.0
2 1.0 1.0 1.0 -1.0
3 -1.0 -1.0 1.0 -1.0
4 -1.0 1.0 -1.0 -1.0
2.6计算指标/哑变量
另一种常用于统计建模或机器学习的转换方式是:将分类变量(categorical variable)转换为“哑变量”或“指标矩阵”。
2.6.1get_dummies派生k列矩阵 ①如果DataFrame的某一列中含有k个不同的值,则可以派生出一个k列矩阵或DataFrame(其值全为1和0)。pandas有一个get_dummies函数可以实现该功能(其实自己动手做一个也不难)。使用之前的一个DataFrame例子:In [109]: df = pd.DataFrame({'key': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'b'],
.....: 'data1': range(6)})
In [110]: pd.get_dummies(df['key'])
Out[110]:
a b c
0 0 1 0
1 0 1 0
2 1 0 0
3 0 0 1
4 1 0 0
5 0 1 0
② 有时候,你可能想给指标DataFrame的列加上一个前缀,以便能够跟其他数据进行合并。get_dummies的prefix参数可以实现该功能:
In [111]: dummies = pd.get_dummies(df['key'], prefix='key') In [112]: df_with_dummy = df[['data1']].join(dummies) In [113]: df_with_dummy Out[113]: data1 key_a key_b key_c 0 0 0 1 0 1 1 0 1 0 2 2 1 0 0 3 3 0 0 1 4 4 1 0 0 5 5 0 1 0③如果DataFrame中的某行同属于多个分类
如果DataFrame中的某行同属于多个分类,则事情就会有点复杂。看一下MovieLens 1M数据集:
In [114]: mnames = ['movie_id', 'title', 'genres']
In [115]: movies = pd.read_table('datasets/movielens/movies.dat', sep='::',
.....: header=None, names=mnames)
In [116]: movies[:10]
Out[116]:
movie_id title genres
0 1 Toy Story (1995) Animation|Children's|Comedy
1 2 Jumanji (1995) Adventure|Children's|Fantasy
2 3 Grumpier Old Men (1995) Comedy|Romance
3 4 Waiting to Exhale (1995) Comedy|Drama
4 5 Father of the Bride Part II (1995) Comedy
5 6 Heat (1995) Action|Crime|Thriller
6 7 Sabrina (1995) Comedy|Romance
7 8 Tom and Huck (1995) Adventure|Children's
8 9 Sudden Death (1995)
Action
9 10 GoldenEye (1995) Action|Adventure|Thriller



