R语言书籍学习04 《多元统计分析 R与Python的实现》

笔记内容来源于书籍。

R软件是由统计学家编写，主要用于数据分析，但Python是通用软件，可以完成任何计算机能够完成的任务。相比于R，Python的帮助文档不够丰富，输出的统计结果也不如R软件全面。

[ a 11 a 12 . . . a 14 a 21 a 22 . . . a 24 . . . . . . . . . . . . a m 1 a m 2 . . . a m n ] begin{bmatrix} a_{11}&a_{12} &... &a_{14} \ a_{21}&a_{22} &... &a_{24} \ ...&... &... &... \ a_{m1}&a_{m2} &... &a_{mn} end{bmatrix} ⎣ ⎡​a11​a21​...am1​​a12​a22​...am2​​............​a14​a24​...amn​​⎦ ⎤​

• 一堆概念
  转置
  行向量、列向量
  对称矩阵
  上三角矩阵
  下三角矩阵
  对角矩阵
  单位矩阵
  正交矩阵
  矩阵的秩
  矩阵的迹

用初等变换将矩阵变换为行阶梯型矩阵，非零行的数量就是秩。

主成分分析(principal component analysis)是一种降维方法，数据的性质决定能否进行主成分分析，以及使用该分析是否有意义。

• 完全独立的变量没有降维的必要性。
• 不相关的白能量将组成新的线性组合，这些组合成为成分，在因子分析中也称为因子。
• 一般来说，因子分析降维的效果优于主成分费。但主成分分析更加简单，因子分析需要很强的关于模型的数学假定。

• 步骤1： 求协方差矩阵及样本相关阵的特征值和特征向量
• 步骤2：求各个成分的贡献率和累积贡献率。步骤2一定要做一个碎石图，用来确定主成分分析的变量个数
• 步骤3： 根据贡献率选取少数重要成分（在主成分分析中选取多少成分说法不一，有的说成分累积贡献率要达到70%以上，有的则要求更高）
• 步骤4： 主成分和原始变量的相关系数计算与载荷图

R语言代码

library("FactoMineR")
library("factoextra")
u<-w[,-c(12:15)]
row.names(u)=u[,1]
u.r<-PCA(u[,1],scale.unit=TRUE, graph=FALSE)

print(u.r)

fviz_eig(u.r, addlabels=TRUE, ylim=c(0,50))
(u.eigen<-get_eigenvalue(u.r))
fviz_contrib(u。r,choice="var",axes=1)
fviz_pca_var(u.r)
fviz_pca-var(u.r,col.war="cos2",
		gradient.cols=c"#00AFBB","#E7B800","#FC4E07",repel=TRUE)

主成分分析在图像处理中的应用：主要进行图像压缩和识别。

和回归分析类似，分类是统计学习中的有指导（或有监督）学习之一。在经典统计中，分类被称为判别分析。而聚类是无指导学习。

对于两水平分类，经典统计主要用Logistic回归方法（二分类）。

分类和聚类看上去很像，但聚类是无监督学习，训练集数据本身的观测值并没有属于某一群的标签。

在分类的算法上，有经典的判别分析。包括线性判别分析和二次判别分析。
二分类因变量的Logistic回归。
判断线性回归的准确性即灵敏性，用ROC曲线很有必要。
机器学习算法：adaboost，随机森林算法，决策树，支持向量机。

降维就是用根据原始变量构造的少数变量来代替多数变量。
主成分分析的在以下条件下无意义：

• 数据各变量不相关
  主成分分析是在变量相关的时候寻找不相关的线性组合。这些不相关的组合实际上形成了新的变量，在主成分分析中，这些组合称为成分，而在因子分析中称为因子。
  一般而言，因子分析降维的效果可能优于主成分分析，主成分分析的优点是原理简单，计算容易。
  主成分分析涉及的图件有：
• 崖底碎石图、载荷图、主成分贡献图

主成分分析主要为了降维，但是因子分析也可以用于降维。
因子分析主要用于挖掘隐变量，称之为因子。
回归或者分类方法可以用来研究因变量和自变量之间的关系。因子分析则用来研究许多因变量之间的关系，目的是找到影响这些因变量的不可观测的独立变量，而由因子分析得到的结果大督导室假设性的或者实验性的，这是由于人们不能观测到这些自变量。

聚类分析和分类方法没有必然联系。聚类分析涉及到一个重要的计算就是“距离”的计算，常见的包括：
欧氏距离： ∥ x − y ∥ 2 = ∑ i = 1 p ( x i − y i ) 2 begin{Vmatrix}x-yend{Vmatrix}_2=sqrt{sum_{i=1}^{p}(x_i-y_i)^2} ∥ ∥​x−y​∥ ∥​2​=i=1∑p​(xi​−yi​)2 ​
平方欧氏距离、Manhattan距离、Chebychev距离、Mahalanobis距离等。
除了点之间的距离之外，聚类分析的某些方法还需要定义类间距离。

分层聚类有两种形式，一种是聚合形式，另一种是拆分形式。例如聚合形式是先把每一个观测值看成1类，在根据点间距离逐步合并。

• Gap方法
  Gap方法就是计算聚类度量的一个你和有毒度量。
  使用cluser程序包的clusGap可以确定聚类个数
  需要找到曲线的最大值，而且在其一个标准差之内没有其他的点。

library("cluster")
(z<-clusGap(w,FUN=Means,5))
plot(z,main="Gap statistic")

• 轮廓法
  轮廓值中较高的值便是该对象与自己的集群很好地匹配。

• NbClust程序包
  可以直接生成聚类数目的推荐个数。

library("NbClust")
a<-NbClust(scale(w1),distance="euclidean",min.nc=2,max.nc=8,method="complete",index="all")

第8章 典型相关分析
典型相关分析用于识别和测量两组变量之间的关联。

属于可视化探索性数据分析，可描述二维和多维列联表数据。

多维尺度变换也成为多维标度或多维缩放，是一组对象之间的距离或者不相似度的直观表示，最典型的对象是地理位置，当然也可以是观点、颜色、面孔或者任何种类的实体或者抽象的概念。