并非是蛋白质分子的每个多肽链的第一个氨基酸
蛋白质的生物合成包括两个阶段：⑴DNA指导不同mRNA的合成，即转录。⑵以mRNA为“模板”、tRNA为运载各种氨基酸的特异工具，在核糖体上合成具有一定氨基酸顺序的蛋白质，即翻译。
在翻译过程中，多肽链上每个位置的氨基酸的种类是由mRNA中的三个连续的核苷酸决定的，这三个核苷酸（或碱基）称作三联体密码或密码子。1967年科学家们破译了全部遗传密码子，共64种，其中3个为终止密码子，它们不决定任何氨基酸，因而能决定氨基酸的只有61种密码子。这61种密码子中又有2种为起始密码子，它们是AUG（甲硫氨酸）GUG（缬氨酸），也就是翻译过程中，所合成多肽的第一氨基酸应是甲硫氨酸或缬氨酸。于是有的教师及学生误认为组成蛋白质的多肽链第一个氨基酸一定是甲硫氨酸或缬氨酸，其实不然。
由mRNA翻译出来的多肽链，多数还不是有功能的蛋白质，新生蛋白质一般要经过各种方式的“加工处理”才能转变成为有一定生物学功能的蛋白质。
其中一种处理是：
细菌蛋白质的N-端为甲酰甲硫氨酸，往往先被脱甲酰基酶催化水解除去N-端的甲酰基，然后在氨肽酶的作用下，再切去一个或多个N-端氨基酸。在真核生物中，N-端的甲硫氨酸常在肽链的其他部分还未完全合成时就已经水解下来了。
因此，起始密码子只是翻译的起始点，其决定的氨基酸并非是蛋白质分子中多肽链的第一个氨基酸。例如：胰岛素的A链、B链第一氨基酸分别是苷氨酸和苯丙氨酸；催产素的第一氨基酸为半胱氨酸。
