清军入关以前，蒙古族分成漠南、漠北、漠西三大部分.漠南蒙古巳归附清朝.清朝初年，漠西蒙古的一支准噶尔部逐渐强盛，在贵族噶尔丹统治下，兼并了漠西篆古的其他部分，势力达到天山南路，噶尔丹又投靠沙俄，攻打漠北蒙古，自称可汗，公然向康熙帝提出圣上君南方，我长北方，妄图分裂祖国.1690年，他在沙俄唆使下悍然进攻内蒙古，发动了反对清朝中央政府的叛乱，康熙帝决计亲征，兼古族人民积极支援，为清军引路牧马，掘井取水，侦察敌情。康熙帝组织左右两路大军分别出古北口和喜峰口。8月1日，清军在乌兰布通(今内蒙古昭乌达盟、什克腾旗南境）同叛军遭遇，展开激战，攻破了叛军的营垒，噶尔丹兵败逃跑。
1695年，噶尔丹叛军在沙俄的策动和支持下，再次内犯。1696年2月，康熙帝发兵10万再次举兵亲征，5月13日，西路军大败噶尔丹于昭莫多（今蒙古入民共和国乌兰巴托东南），噶尔丹逃走。1697年2月，康熙帝发动第三次远征，维吾尔，哈萨克和蒙古各族人民以及准噶尔贵族内部纷起反对叛乱，噶尔丹走投无路，服毒自杀，也有人说被人杀害。康熙帝平定嚆尔丹之后，对外蒙古四部七十四旗（阿尔泰山以东的漠北蒙古）实行了有效统治.从此，外蒙古归入清版图，沙俄势力的渗入活动也受到遏制，平定噶尔丹的叛乱，维护了祖国的统一。
