转录起始位点:如何确定基因的转录起始位点

1.如何确定基因的转录起始位点

已知基因的结构包括编码区和非编码区，编码区分上游和下游，真核生物基因的编码区还分外显子和内含子．即基因的结构是非编码区上游、编码区、非编码区的下游．在编码区的上游有启动子，其上含有转录起始位点（TSS）、在编码区先有起始密码子编码序列（ATG）。

2.TSS的转录起始位点

研究表明通常为一个嘌呤（A 或G）。

3.转录起始位点和起始密码子是一个意思吗？怎么查找转录起始位点？

不是 转录起始位点又叫启动子，它是RNA聚合酶识别和结合位点。它的作用是启动DNA转录为RNA。

4.识别转录起始位点的是？

是一段位于结构基因5‘端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,

5.转录因子必须位于转录起始位点的上游吗

启动子：是一段位于结构基因5‘端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确地结合并具有转录起始的特异性.转录起始位点是指与新生RNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤.常把起点前面,即5’末端的序列称为上游,而把其后面即3‘末端的序列称为下游.

6.为什么转录起始位点从aaa开始

不是 转录起始位点又叫启动子，它是RNA聚合酶识别和结合位点。它的作用是启动DNA转录为RNA。

7.如何寻找转录起始位点

1、引物延伸分析（primer extension analysis）引物延伸分析用于定量mRNA的量，测定低丰度的mRNA的种类。另外引物延伸实验可标定转录产物的5`-端，特异的末端标记的引物退火到RNA链的互补区域，随后用RNA作为模板，用反转录酶延伸引物得到cDNA，用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析cDNA。cDNA的长度为引物的标记的核苷酸到RNA-5`末端间的碱基数，所得cDNA的量和目的RNA的起始量成正比。理想的引物是ssDNA,与要分析的转录产物的5`末端区域互补。延伸产物小于150个核苷酸，引物延伸实验非常灵敏，可检测2 pg的转录产物，这相当于1个细胞中的1个RNA。引物延伸实验非常适合于对单个基因作定量和定性分析。（1）引物延伸分析所用试剂：引物延伸实验需要模板RNA，可用总RNA或poly(A)+RNA。一个特异的末端标记的核苷酸或DNA片段作为引物，用反转录酶合成cDNA。除RNA模板和标记的引物，还需要反转录酶，AMV或MMLV反转录酶、反应溶液、脱氧核苷酸、聚丙烯酰胺凝胶试剂，（2）引物延伸系统的组分：引物延伸系统中AMV反转录酶和反应溶液、焦磷酸钠、正对照RNA模版和对照引物、去磷酸的PhiX174Hinf I DNA 标准分子参照物、T4多核苷酸激酶和溶液、样品溶液、AMV反转录酶2X溶液100 mM Tris-HCl（pH8.3,PhiX174标准分子参照物和T4 多核苷酸激酶用作引物标记，和确定延伸产物长度的标准。对照RNA可得到87个碱基的延伸产物作为正对照。引物延伸反应中用焦磷酸钠和精胺可增加全长cDNA的得率，但结果是增加全长cDNA的得率，放线菌素D可用于增加全长cDNA的得率，抑制模板RNA产生发卡结构。焦磷酸钠和放线菌素D抑制cDNA第二条链的合成。（3）引物延伸实验的优化：引物延伸实验中所用的杂交温度是最关键的需优化的因素。或引物和互补序列完全杂交所需的最适条件是，低于引物溶解温度的5oC。低于最高紧密度的温度可极大地增加杂交速度。应在不同的紧密度的杂交温度下作杂交，以控制引物和特异RNA的杂交。增加杂交紧密度时，引物和相关的却不是等同的转录产物杂交。RNA在较高温度会降解，应用甲酰胺杂交操作方案，因此可使杂交在较低的温度进行。延伸步骤前甲酰胺和盐需用乙醇沉淀后除去。②模板RNA和引物的量。以下讨论了所用RNA模板和引物的起始量。这部分是由于RNA中存在的次级结构干扰反转录酶的聚合酶活力。如用AMV反转录酶。

8.mRNA的第一个碱基就是转录起始位点吗

不是。不一定是从第一个碱基开始。