自学考试毕业证书申请首先需要进行网上申报，其次，考生需要交自考申请毕业有效证件资料，到自考办进行审核。第三，资格审核，第四，领取证书。
自考毕业证书申请流程网上申报：每年会安排2次毕业申报。网上申报完成后，系统会自动进行审核。审核通过的考生不需要去现场初审，可直接在网上缴费。
申请毕业有效证件资料：(1)考生携带有效身份证件及复印件(居民身份证、军官证、士兵证、港澳台身份证)、相片、考籍证、相关《课程合格证》(或单科合格证)和符合课程免考条件的各类证件及复印件、转籍证明(必须是在当地自学考试自助服务系统可以查询到的)、多个考籍号的所有考试证件及相关证明材料。
办理本科毕业生的专科或专科以上学历证书原件及复印件、《学历证书电子注册备案表》(上半年验证期至7月底，下半年验证期至1月底)、学信网查不到学历信息的需要提交学历认证报告，申请本科毕业办证的考生，如专科毕业证书上基本信息(姓名、身份证号码等信息)与申请本科毕业信息不相符的，须提交有关变更证明材料，单独交由当地自考机构办证工作人员审核。
资格审核：经市自考办、主考院校、省自考委三级审核后，符合条件者，发给毕业证书及毕业生档案。
领取证书：在规定时间内到自考办出示准考证、身份证领取证书;在领取毕业生档案登记簿上签名，如受人委托代领，应同时出示被委托人的身份证。领取档案袋和证书夹，仔细检查，有无错装或缺漏(档案袋内装自考毕业证书、自考课程合格证、自考毕业生登记表及毕业成绩单)。
自学考试毕业条件参加高等教育自学考试的考生，具备下列条件，方可参加毕业审查，办理自学考试毕业证书。
①考完本专业考试计划所规定的理论课程且考试成绩合格。
②完成该专业所规定的实践性环节课程考核，并取得合格成绩。
③思想品德经鉴定符合要求。
④办理本科毕业证书者，必须具有国家承认学历的专科及以上毕业证书。
⑤如果是外语专业本科(如:英语、日语专业)考生，必须使用所学专业的外语撰写毕业论文。
