函授本科和自考本科在考试方式，学制，学习形式，毕业证书等方面有区别，但是函授本科和自考本科都属于国家承认的学历，考生可根据实际情况选择适合的学习方式。
考试方式不同：在入学时，自考本科没有入学考试，报名自考本科的考生可以在每年的4月、10月参加单科考试，等到所有科目考试成绩都合格后，可申请自考本科毕业，颁发学历证书。函授本科只有通过国家统一的成人高考考试，才能入学就读。
学制不同：函授本科学制为2.5年，自考本科没有学制方面的限制，只要考完报考专业的所有科目都合格通过即可申请毕业，即一年考完一年毕业，五年考完五年毕业，只要8年内考完就行，相关时间政策根据当年政策情况。
学习形式不同：函授的学习是以自学为主，院校会安排时间组织集中面授，自考本科以考生自己学习为主。
毕业证书不同：自考本科毕业证书上盖有两个章，一个是主考院校的章，另一个是当地自考委的章。而函授本科的毕业证书是由各大学的成教学院发的，考上了哪个大学的成教，毕业时就会盖有哪个大学的章。
