网教本科和自考本科都属于成人学历教育，颁发的文凭都是电子注册，学信网可查询，与统招具有同等效力。但是在一些方面是有区别的。
报考院校方面
网教本科的招生院校是国家批准的具有远程网络教育资质的普通高校，自考本科以普通高校为主考学校，主考学校或社会力量培训机构提供有自学考试的培训。
入学形式方面
网教有入学考试，而且每年有两次，由学校自主命题，各学习中心组织考试。自考本科没有入学考试，考生参加单科考试。合格一门，发一门合格证书，所有科目及格后，颁发学历证书。
学习时间方面
网教本科实行弹性学制，学习年限为5年，允许学生自由选择学习期制，最快2.5年可毕业，医学类专业最快3年毕业。自考本科采取分科考试，不受学期、学年制度的限制，3年考完3年拿证，5年考完5年拿证，时间不限。
含金量方面
自考本科和网教本科毕业证书获得者的待遇与普通高校同类毕业生相同，都可以参加硕士研究生考试、公务员考试、司法考试等。符合相关条件者，都可以申请获得学士学位。
