招生对象不同：参加函授本科的考生必须年满18周岁，如果选择专升本，考生必须取得国家承认的专科学历才有报考资格。只要是中国合法的公民都可以报考自考本科，没有年龄、学历、种族等的限制，只要在申请本科毕业前，取得国家承认的专科学历即可。
考试方式不同
现在一般所说的函授本科指的是成教本科。学生只有通过国家统一的成人高考考试，才能入学就读。自考本科没有入学考试，报名之后就可以入学就读。
考试时间不同
函授本科全国统一的招生入学考试一般安排在10月，一年仅有一次考试的机会。自考本科是每年在4月和10月考试，有的地区是1月、4月、7月、10月四次考试，有的地区是1月、4月、10月三次考试。各省地区的考试时间规定是不同的。
学习方式不同
函授本科是自学为主，定期集中面授为辅。自考本科的学习方式是全靠考生自学，全凭自身的努力与能力。
学制方面不同
函授本科的考生两年半毕业，在这两年半期间会有周末或假期集中授课，属于函授。学制为2.5年。自考本科没有学制方面的限制，只要考完报考专业的所有科目，都合格通过即可申请毕业，即一年考完一年毕业，五年考完五年毕业，只要8年内考完就行，相关时间政策根据当年政策情况。
毕业文凭不同
函授本科毕业证书上面只加盖毕业学校的章，自考本科毕业证书是由主考院校和当地自考委分别盖章的。
