本校于1902年创办，其前身为流芳和淑馨男女两校合并而成。男校于1902年由萌为廉先生在南平绿竹岭创办培元书院，越二年，于北镇街建新校舍，改名为薜承恩流芳学校。后有我国热心教育人士，相继苦心办学，1920年，改办旧制中学，1922年春，分别设立普通、师范学科；遵照部章，改办新制中学，分高、初中两部。女校起源于1902年，由樟湖女塾迁移至南平马祖坊民屋内开学。1906年建校舍于黄金山，定名为淑馨女校。1932年，合并男女两校，命名为南平私立剑津中学。其后声誉日增，广受赞扬，抗战期间，成为东南诸省中颇负盛名的一所中学。 1951年学校由人民政府接管并迁离原校址，新辟校舍，改名为“南平第二中学”。上世纪60年代，成为市区中考一面旗帜，被确定为南平地区重点中学，“文革”期间，迁址至原南平地委党校，即今本校校址所在地——大同岭上。1992年，复名为南平剑津中学。1991年通过首批三级达标校验收，1996年再上一个台阶，通过省二级达标校验收。成为闽北地区二中系列第一所二级达标校。2001年，因市区学校布点调整，我校被确定为初级中学，停止高中部招生，同年被确定为省级初中示范校。
