2014年，北京基因组研究所招收学术型研究生人数(含推免生)32名，拟招收学位型研究生人数(含推免生)8名，北京基因组研究所实行弹性学制。脱产硕士生学习年限一般为2年半至3年。硕博连读(须通过考核)的学习年限一般为5年。
北京基因组研究所各导师从1999年开始培养博士研究生，所招收的硕士生经中期考核合格后可直接转博。
2004年中国科学院正式批准建所后，北京基因组研究所即作为独立指定单位接收硕士、博士生。几年来先后毕业的硕士生1人，博士生有13人。在已毕业的研究生中大多数赴国外著名院校做博士后或继续深造。有多名研究生在《Science》、《Nature》、《Genome Research》等国际著名科学期刊上发表文章，这个比例在国内所有研究生培养单位中仅见。研究生在我所学习工作期间多有机会接触国际生物学界著名学者，接触生物学前沿课题，参与重大科研项目的研讨、论证及研究。根据国家有关规定并参考国外大学的管理模式，我所的研究生培养管理方式也比较有利于研究生整体素质的提高，对于学生毕业出国尽快进入状态，对于在国内从事研究工作尽快进入角色并承担项目都很有益。
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