遵义医学院的研究生教育始于1955年，1956年我校张毅教授被选任为新中国首批研究生导师。学校是文革后国家恢复研究生招生制度以来，由国务院批准的第一批硕士学位授权单位，1981年首批获得硕士学位授权点9个。现学校研究生教育涵盖三大学科门类：医学、理学、法学，有一级学科硕士学位授权点5个，二级学科硕士学位授权点37个。学校于1999年开始与重庆医科大学联合培养博士研究生，2006年成为上海中医药大学联合培养博士研究生基地。目前，我校与省内外18家单位开展博士、硕士联合培养工作。
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学校积极拓宽研究生教育办学形式，提升办学层次，获授予具有研究生毕业同等学力人员申请硕士学位试点单位、临床医学硕士专业学位研究生培养试点单位、口腔临床医学硕士专业学位研究生培养试点单位和高校教师在职攻读硕士学位招生单位等资格，是贵州省唯一面向港澳台地区招收硕士研究生的单位和贵州省首家具有法学门类硕士学位授权的医学院校，具有研究生教育推免资格。
近年来，研究生招生的学科专业不断扩展，年均招生人数持续增长。30多年来，学校累计培养毕业研究生1500余人，现有在读研究生近1388人。
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