塔里木大学于2003年取得硕士学位授予权，学校现有生命科学学院、植物科学学院、动物科学学院、水利与建筑工程学院、人文学院、信息工程学院、经济与管理学院、机械电气化工程学院、成人教育学院、高等职业教育学院等十个学院。拥有生物化学与分子生物学、农业水土工程、作物栽培学与耕作学、果树学、蔬菜学、动物营养与饲料科学等6个硕士学位授权学科专业，并与华中农业大学等高校联合培养博士研究生。
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学校以环塔里木生物多样性和文化多样性研究为特色，以农科为优势，农、理、工、文、管、法等多学科相结合。现有果树学、作物栽培学与耕作学、动物营养与饲料科学、生物化学与分子生物学等4个省级重点学科，塔里木盆地生物资源保护利用、塔里木畜牧科技等2个省级重点实验室，1个西域文化研究所。“十五”以来，承担973计划前期研究专项、国家自然科学基金等各级科研项目279项，取得科研成果32项，在南疆特色果树、塔里木盆地生物资源、胡杨生态、长绒棉、西域文化等方面的研究形成了鲜明的特色。
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