新疆生态与地理研究所主要研究领域和工作总目标是：面向国家西部大开发对新疆优势资源转换、生态和边疆安全、基础设施和生态建设、区域可持续发展和全面建设小康社会的战略需求，在绿洲生态过程与绿洲生态农业开发、退化生态系统恢复与沙漠化治理、优势资源转换与区域可持续发展三大领域，开展前瞻性、战略性和基础性研究，推动关键技术创新和系统集成，强化高层次科技和政策咨询;创建在国际干旱区资源环境研究领域有重要影响的国际知名研究所;研究所目前已与50余个国家建立了合作关系，交往频繁，在国际干旱区资源与环境研究领域有重要影响。
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研究所现有自然地理学、人文地理学、环境科学、植物学、生态学、水土保持与荒漠化防治学、地图学与地理信息系统等7个学术型硕士点和环境工程、生物工程2个专业型硕士点及自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、植物学、生态学5个博士点。研究所建有国家荒漠-绿洲生态环境建设工程技术研究中心;中国科学院绿洲生态与荒漠环境重点实验室;干旱区遥感与地理信息系统重点实验室;中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室;阜康荒漠生态系统观测试验国家站(兼MODIS卫星地面数据接收站);策勒荒漠生态系统研究国家站;阿克苏绿洲农业生态系统研究国家站;中国科学院干旱区荒漠植物园;这些大型仪器设备、实验平台、国家重点实验室、野外研究站和卫星地面数据接收站构成了“三位一体”的研究干旱区陆表过程的重要科研和技术支撑平台。
现有职工335人，其中科技人员273人，包括研究员34人、副研究员和高级工程师等76人。2001年以来进入创新试点130人，其中研究员34人，副研究员43人。在科技人员中，有获国务院特殊津贴专家48人、国家有突出贡献中青年专家1人、新疆优秀专家19人，杰青1人，客座研究员35人，引进“百人计划”10人，建立一支以中青年导师为骨干，老、中、青三结合的研究生导师队伍。现有在学研究生350人，其中博士生137人，硕士研究生213人。
建所以来共获科研成果奖励265项，其中获联合国UNEP奖2项，国家级奖励21项;共申请专利82项，获专利授权40项，计算机软件登记12项，新品种审定7项。两所合并以来，获国家及省部级奖励66项，其中获国家奖励7项，两项成果获评中国年度十大科技进展;申请专利71项，获专利授权38项;计算机软件登记12项，新品种审定7项;发表学术论文1976篇，出版专著68部。
拥有仪器设备总价值6300多万元，拥有MODIS卫星接收系统、激光雷达、电子显微镜、GIS系统等重要设备。
挂靠有新疆植物学会、土壤肥料学会、地理学会、遥感专业委员会、治沙暨沙产业学会等5个省区级学会，主办了《干旱区研究》、《干旱区地理》汉、维文版4种学术季刊，新办《J.Arid Land》英文期刊。拥有新疆科学数字图书馆，馆藏图书49万册、期刊36万册、资料2万余册、图件73万余份。研究所标本馆馆藏各类标本10万号以上。
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