重庆大学于2000年经教育部批准试办并于2004年经教育部批准正式设立研究生院。重庆大学研究生教育根植于学校悠久的办学历史与文化，并在改革开放中得以迅速发展。
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学校自1948年起开始招收研究生，是我国较早开展研究生教育的大学之一。1978年重庆大学成为教育部首批恢复研究生招生并有硕士、博士学位授权的单位之一。
2000年5月，原重庆大学、重庆建筑大学，重庆建筑高等专科学校三校合并，新的重庆大学及研究生院成立，研究生教育迎来大发展时期。
经过十年努力，基本建成以工为主、理工结合，工程技术科学、自然科学、管理及人文社会科学等协调发展的大学;目前有国家级重点学科 17个，博士学位授予权一级学科16个，二级学科博士学位授权点60个，硕士点182个;在校研究生已经超过16000多人，其中全日制硕士生达9000多人，博士生3000多人，专业学位研究生4000多人。来华留学研究生，进修生400多人，成为国家研究生培养的重要基地。
随着学校“211工程”、“985工程”三期建设项目的开展，重庆大学迎来了进一步发展的大好时机。学校将进一步构建研究生拔尖创新人才培养体系，使我校的研究生教育更好地适应我国社会发展和经济建设的需要，为建设创新型国家提供有力支撑，为促进学校朝着建设世界高水平研究型大学的办学目标而不断奋进。
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