我校的研究生教育始于1999年，经过十余年的发展，目前已拥有理论经济学、应用经济学、管理科学与工程、工商管理、法学、统计学、公共管理、数学、计算机科学与技术、马克思主义理论10个一级学科硕士点，56个二级学科硕士点及MBA、MPA、JM等10个专业硕士点，涵盖经济学、管理学、哲学、法学、工学、理学6个学科门类。目前，在校研究生人数近3000人，其中包括来自南亚、东南亚十余个国家的留学生。
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2008年获批为新增博士学位授予建设立项单位后，学校始终坚持把“博建”工作作为全局工作的龙头抓紧抓好，学校按博士学位授予单位建设规划顺利推进授权学科与支撑学科的建设，2011年顺利通过了新增博士授予单位立项建设工作中期检查。并及时根据中期检查专家组的反馈意见，全面加强应用经济学、工商管理和统计学三个博士学位授权一级学科建设，认真做好博士点建设后期的各项工作，积极迎接博士单位建设的终期验收。
在博建工作的带动下，学校紧抓国家深入实施西部大开发和桥头堡建设带来的重大机遇，根据《云南省中长期教育改革和发展规划纲要》和《云南省教育事业发展“十二五”规划》，在进一步明确办学指导思想和办学目标的基础上，有力推进了学科建设工作，学科优势特色日益凸显。目前，我校已有国民经济、企业管理等10个省级重点建设学科和1个省级重点培育学科。2011年又新增了统计学、管理科学与工程2个省级优势特色重点建设学科。
面向未来，云南财经大学研究生部将秉承“好学笃行 厚德致远”的校训精神，紧密围绕“质量优先，内涵发展”战略主题，不断更新教育观念，优化人才培养模式，完善研究生管理体制和运行模式。按照教育部和国务院学位委员会的要求，继续推动研究生教育体制机制改革与创新，深入推进国际化发展，努力探索新时期我国高等财经院校研究生教育发展道路，构建高水平财经大学的研究生培养体系，为国家经济建设和西部地区经济社会发展做出更大的贡献。
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