滨州医学院自2004年自主招收首届硕士研究生以来，目前已成功招收9届硕士研究生，在校生310人，2013年计划招生368人，研究生教育表现出良好的发展势头。
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2003年被国务院学位办批准为硕士学位授予单位，2009年获得临床医学专业学位授予权，2010年获得口腔医学专业学位授予权，2011年获得基础医学、临床医学、护理学一级学科硕士学位授予权，2012年获得全科医学、临床病理学专业学位授予权及卓越医生教育培养计划(“5+3”临床医学硕士专业学位研究生培养模式)。学校重视导师队伍建设，目前拥有硕士生导师400余人。在研究生教育规模不断扩大的情况下，学校加强了研究生教育基础设施建设，在教学用房、仪器设备、实验条件、图书资料、现代教育技术手段和设施等方面加大经费投入，不断改善研究生培养的基础条件。五年来，学校初步建立了适应研究生教育的管理体制、管理机构和规章制度，建立了具有我校特色的研究生教育培养方案和课程体系，编制出台了《滨州医学院学位与研究生教育文件汇编》，开创了研究生教育管理工作的新局面，为学校研究生教育工作的顺利开展奠定了基础。
目前，已有六届研究生顺利毕业，踏上了各自的工作岗位，就业率达100%，其认真扎实的工作作风和训练有素的工作能力受到了用人单位和社会的广泛好评。
学校积极推进研究生教育国际交流与合作。研究生第一年课程学习结束后，根据英语及综合考评成绩，推选优秀学生到韩国加图立大学医学院、延世大学齿科学院进行半年至一年的学位论文研究;在韩期间，费用由韩方承担，并发给生活补助费。学生毕业后，经学生与韩方双向选择，可以继续在韩国攻读博士学位。
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