山东中医药大学研究生处作为学校学位与研究生教育工作的职能部门，在校党委、校行政的领导下，主要负责对全校研究生的业务等进行宏观管理。山东中医药大学学位评定委员会办公室、山东中医药大学研究生招生办公室设在该处。研究生处是适应学校学位与研究生教育工作的发展而设立的，其前身是当时隶属于教务处的师资科以及后来的研究生科。1998年10月设研究生处。2001年改名为研究生部，为正处级单位，下设招生科、教育培养科和管理科(团总支)。2001年12月设立研究生部党总支。2004年研究生部改名为研究生处。
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2005年9月，学校研究生教育实行学校、学院分级管理体制，在校研究生的日常管理工作划归有关学院。2006年5月，撤消研究生处党总支和研究生处团总支，职工党员管理划归机关工委，成立隶属于机关工委的研究生处党支部。2011年4月党支部归属机关第二党总支。
目前，研究生处设招生科(校研究生招生办公室)、学位管理科(校学位评定委员会办公室)和培养教育科三个科室。编制6人，在岗职工5人。现任处长唐迎雪，副处长马婷。
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