扬州大学的研究生教育开始于1962年，是国务院1981年批准的首批博士、硕士学位授予单位。1992年合并办学以来，研究生教育规模迅速发展。现有在籍全日制研究生3600多人，在职攻读学位研究生3000多人。
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扬州大学的研究生教育坚持“扩大规模，提高质量”的工作方针，坚持稳定和不断提高研究生培养质量的基本目标，坚持培养具有创新理念、创新意识、创新能力高层次人才的工作主线，努力建设健康、良好的创新环境和创新平台，积极构建省、校、院三级“研究生培养创新工程”体系，全面推进创新人才培养。“十五”以来，我校研究生教育取得了可喜的成绩：2篇论文获全国优秀博士学位论文，3篇论文获全国优秀博士学位论文提名;13篇论文获得省优秀博士学位论文，39篇论文获得省优秀硕士学位论文;45个项目获得省研究生科研创新计划，6门研究生课程获得省优秀研究生课程，3个“产学研”联合培养研究生基地获得省示范基地。
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