蚌埠医学院从1979年开始招收硕士研究生，为首批硕士学位授予单位。学校拥有一支学术水平较高、科研力量较强、人才梯队合理、教学经验丰富的导师队伍，现有研究生导师300余名。近几年我校研究生教育发展较快，目前在校研究生近700名，2012年招收研究生新生251名。现有基础医学、临床医学、护理学3个一级学科授权点，人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、内科学、儿科学、临床检验诊断学、影像医学与核医学、护理学、外科学、肿瘤学、急诊医学、药理学等25个二级学科授权点。2003年我校获得临床医学硕士专业学位授予权，2004年开始培养临床医学专业硕士学位研究生，主要为社会培养临床技能型高级专门应用人才。今年我校招收临床医学硕士专业学位研究生125名，在校临床医学硕士专业学位研究生已达到285名。目前十多家单位与我校联合培养硕士研究生。
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我校始终重视研究生培养工作，把研究生培养质量作为生命线，不断更新教育思想观念，采取了一系列深化教学改革、提高研究生教学质量的重大举措。不断加强课程建设，优化培养方案设置;健全研究生教学和培养质量监督机制，实行研究生中期考核与筛选制度，开展研究生教学督查和培养质量跟踪评估;实施研究生教育创新工程，强化研究生创新能力培养;严格学位论文质量管理，实行研究生论文“双盲”评审机制;设立研究生“三助”岗位，提高研究生实践能力，保障研究生顺利完成学业。
我校经常开展适合研究生特点的内容丰富、形式多样的文体活动，以丰富研究生课余文体生活及社会实践，提高综合素质;为了鼓励研究生在校期间勤奋学习、刻苦钻研、全面发展，学校实行奖学金制度。学校设立了研究生普通奖学金、优秀奖学金、和单项奖学金(文体等活动)等。学校非常重视研究生党建工作，研究生部党总支下设四个党支部，组织党员开展各项活动，带动研究生思想政治工作，培养教育入党积极分子。
我校每年毕业研究生就业率始终为100%，平均每年约有90%的应届毕业生在“三甲”级医院就业，用人单位对我校研究生综合素质非常满意，他们很快成为业务骨干和学术带头人。
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