一、解放前南京医科大研究生教育
南京医科大学研究生教育历史可追溯到解放前。1929年，国民党南京政府公布了《大学组织法》和《大学规程》，规定了高等教育机关分为大学、独立学院、专科学校和研究院(所)，并指出，大学研究院(所)的任务是招收大学毕业生研究高深学术，各研究生研究期限暂定为至少3年。1935年，国民党政府公布了《学位授予法》、同年教育部颁布了《学位分级细则》、《硕士学位考试细则》，1940年教育部又颁发了《博士学位评定会组织法》和《博士学位考试细则》，这个时期研究生教育有了立法程序，有了一套比较完整的制度。我校于1942年7月奉令成立医科研究所寄生虫学部，由部聘教授洪式闾博士兼主任。至1947年5月奉指令，改组为国立江苏医学院寄生虫学研究所。1942年12月本所招收第一届研究生兼助教赵慰先一名，1943年8月招收第二届研究生王培信、王毓楹二名。并于1945年8月及1946年1月由研究生王培信及赵慰先提出硕士论文各一篇，参与硕士考试及格，经部复核审查通过授予硕士学位。
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在解放前，由于旧中国的教育和科技落后，只有少数学校招收过为数不多的研究生。据统计从1935年至1949年全国授予硕士学位人数才200多人，没有授予过博士学位。
二、新中国成立后南京医科大研究生教育
新中国成立以后，我国从1950年开始招收研究生。1953年11月27日，高等教育部发布了《高等学校培养研究生暂行办法(草案)》，明确规定：“……师资条件较好的高等学校应担负培养研究生的任务，其目的为培养高等学校师资和科学研究人才”。1961年9月，中共中央印发了《中华人民共和国教育部直属高等学校暂行工作条例(草案)》，对我国研究生教育作了具体规定和要求。1963年，教育部在北京召开了研究生工作会议，会议通过了《高等学校培养研究生工作暂行条例(草案)》、《关于高等学校制定理工农医各专业培养方案的几项规定(草案)》、《关于高等学校培养研究生学籍处理的几项规定》等文件，从此我国高等学校、科研机构研究生工作逐步走上轨道，到1965年，我国培养研究生的高等学校有134所，科研机构100个，在校研究生人数为4546人，毕业研究生15942人。在此期间，我校共培养研究生14人。1966年，由于发生了“文化大革命”，通过研究生入学考试的研究生没能入学，我校共有4人。
三、恢复研究生招生后南京医科大学研究生教育
1977年10月12日，国务院转发了教育部《关于做好1977年高等学校招生工作的意见》，该文件对全国研究生招生工作做了统一的部署，并对研究生的培养目标有了明确的要求：应具有系统而坚实的的基础理论、专业知识和科学实验的技能，能独立进行科学研究工作。1978年1月教育部在《关于高等学校1978年研究生招生工作安排意见》中明确了1977年和1978年两年的研究生招生工作合并于1978年进行统称为1978年研究生。1980年2月12日，中华人民共和国第五届全国人民代表大会常务委员会第十三次会议通过了《中华人民共和国学位条例》，并宣布自1981年1月1日起实行。随后国家又制定了《中华人民共和国学位条例暂行实施细则》。从1978年恢复研究生招生到1981年的学位制度建立至今。
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