浙江中医药大学是全国首批具有硕士学位授予权的高校之一。1978年开始招收攻读硕士学位研究生，1994年开始招收港澳台研究生，1998年取得博士学位授予权，同年成为开展同等学力申请硕士学位工作单位，2000年获批开展临床医学(中医、中西医结合)硕士专业学位工作，2003年获准设立中医学一级学科博士后科研流动站，同年被批准为高校教师在职申请硕士学位培养单位，2006年成为推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生工作单位，2007年获批设立中药学一级学科博士后科研流动站，并取得推荐优秀本科毕业生免试攻读硕士学位研究生资格，2009年取得临床医学(中医学)一级学科博士专业学位授予权，并开展全国首届中医师承与专业学位衔接工作，2010年取得中药学一级学科专业学位授予权，2011年取得中医学一级学科博士授予权和临床医学、药学一级学科硕士授予权，2012年获批设立中西医结合一级学科博士后科研流动站。
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目前拥有博士后科研流动站3个，博士点14个，硕士点46个，博士、硕士专业学位点4个。博士后科研流动站覆盖中医、中药、中西医结合3个一级学科，博士学位点覆盖中医、中药2个一级学科和中西医结合临床二级学科，硕士点覆盖中医、中药、中西医结合、临床医学、护理学、药学6个一级学科和生物化工二级学科，自主设置听力学、中医药卫生事业管理、中药市场营销和口腔修复重建医学4个目录外专业，专业学位点覆盖临床医学博、硕士和中药学、全科医学硕士4个一级学科，基本形成了以中医药为主体，多学科协调发展，学位类型齐全，培养层次完备的高层次人才培养格局，以及全日制与非全日制研究生教育互为补充、科学学位与专业学位并重发展的完整的学位与研究生教育体系。
近年来，学校推行临床学科学位点平行管理，组建学科专家评议组与专家库，实施校院两级研究生经费改革，进一步明晰学位与研究生教育的责权利，使学位与研究生教育管理工作更加规范高效，服务更加到位，有效促进了研究生培养质量的不断提高。
学校现有博士生导师89人、硕士生导师542人;在校研究生1589人，其中博士生168人、硕士生1421人;在站博士后研究人员16人。已培养毕业研究生2130人，其中博士生224人、硕士生2450人;已培养出站博士后9人，授予同等学力硕士学位257人。
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